高通量技术分析'砂蜜豆'甜樱桃不同组织内生细菌多样性

S662.5; 为探明甜樱桃内生细菌种群结构及多样性,以'砂蜜豆'甜樱桃根、主干树皮和枝条3个组织的内生细菌为研究对象,对其16S rRNA V3～V4区进行高通量测序.结果表明,'砂蜜豆'甜樱桃不同组织内生细菌群落多样性及功能存在较大差异.不同组织中共获得有效序列9665813条,聚类为1386个OTU(operational taxonomic units),隶属于20个门、43个纲、79个目、162个科和346个属.在门水平,变形菌门(Proteobacteria)在各组织中的丰度均最高,是最优势菌门.在属水平,根部内生细菌的优势菌属为链霉菌属(S...

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Published in中国农业科技导报 Vol. 25; no. 3; pp. 66 - 77
Main Authors 赵柏霞, 闫建芳
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 大连市农业科学研究院,辽宁 大连 116036%大连民族大学生命科学学院,辽宁 大连 116600 2023
Subjects
不同组织
内生细菌
种群多样性
高通量测序
甜樱桃
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ISSN1008-0864
DOI10.13304/j.nykjdb.2021.0647

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Summary:S662.5; 为探明甜樱桃内生细菌种群结构及多样性,以'砂蜜豆'甜樱桃根、主干树皮和枝条3个组织的内生细菌为研究对象,对其16S rRNA V3～V4区进行高通量测序.结果表明,'砂蜜豆'甜樱桃不同组织内生细菌群落多样性及功能存在较大差异.不同组织中共获得有效序列9665813条,聚类为1386个OTU(operational taxonomic units),隶属于20个门、43个纲、79个目、162个科和346个属.在门水平,变形菌门(Proteobacteria)在各组织中的丰度均最高,是最优势菌门.在属水平,根部内生细菌的优势菌属为链霉菌属(Streptomyces)、类固醇杆菌属(Steroidobacter)和乳酸杆菌属(Lactobacillus);枝条内生细菌中鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas)的相对丰度较高;主干树皮内生细菌的优势菌属为拟杆菌属(Bacteroides).PICRUSt(phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states)基因预测表明,内生细菌功能主要涉及多糖、萜类和酮类、酶及维生素等次生代谢产物的生物合成.综上所述,甜樱桃内生细菌具有丰富的种群多样性,为今后开发利用甜樱桃内生细菌资源奠定了基础.
ISSN:1008-0864
DOI:10.13304/j.nykjdb.2021.0647