吴茱萸果实发育全长转录组分析及有效成分合成差异表达基因分析

Q943.2; [目的]更好地了解吴茱萸转录本基因信息,为吴茱萸有效成分生物合成途径的阐明奠定基础.[方法]提取吴茱萸果实4个时期总RNA,开展混合样三代全长转录组测序,对获得的转录本进行功能注释和分类.[结果]获得了73 Gb的原始数据,经聚类及校正后得到63 744条一致性序列,高质量序列达63 550条,达99.7％,去冗余后最终获得19 044条Unigene.与各数据库进行比对后,有18 704条Unigene被注释,总注释率为98.21％,其中在NR数据库中注释最多,达18 662条,注释最少的为KEGG数据库,仅有5943条.[结论]对吴茱萸有效成分的生物合成相关基因进行分析,发...

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Published in西南农业学报 Vol. 37; no. 12; pp. 2620 - 2628
Main Authors 杜云安, 郑雪源, 龚军, 宋鑫扬, 钟晓红
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 常德职业技术学院农业与经济系,湖南常德 415000 2024
湖南农业大学园艺学院,长沙 410128%湖南农业大学园艺学院,长沙 410128%常德职业技术学院农业与经济系,湖南常德 415000
Subjects
Tetradium ruticarpum
High-throughput sequencing
候选基因
吴茱萸
Transcriptome
高通量测序
Candidate gene
转录组
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ISSN1001-4829
DOI10.16213/j.cnki.scjas.2024.12.007

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Summary:Q943.2; [目的]更好地了解吴茱萸转录本基因信息,为吴茱萸有效成分生物合成途径的阐明奠定基础.[方法]提取吴茱萸果实4个时期总RNA,开展混合样三代全长转录组测序,对获得的转录本进行功能注释和分类.[结果]获得了73 Gb的原始数据,经聚类及校正后得到63 744条一致性序列,高质量序列达63 550条,达99.7％,去冗余后最终获得19 044条Unigene.与各数据库进行比对后,有18 704条Unigene被注释,总注释率为98.21％,其中在NR数据库中注释最多,达18 662条,注释最少的为KEGG数据库,仅有5943条.[结论]对吴茱萸有效成分的生物合成相关基因进行分析,发现有月桂烯、罗勒烯及芳樟醇等挥发性萜类成分53条候选基因;柠檬苦素生物合成途径发现2条候选基因(不含MVA及MEP途径);吴茱萸碱、吴茱萸次碱生物合成途径发现53条候选基因,共计108条基因.
ISSN:1001-4829
DOI:10.16213/j.cnki.scjas.2024.12.007