美人蕉黄条病毒扬州、长沙分离物全基因组的测定与序列分析

S682.2+2; [目的]解析我国美人蕉黄条病毒(Canna yellow streak virus,CaYSV)的全基因组序列及遗传进化地位,为指导病害防控提供科学指导.[方法]通过反转录-聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)技术和快速扩增cD-NA末端(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术从江苏扬州和湖南长沙采集到的美人蕉病样中,扩增获得CaYSV全基因组序列,并利用MegAlign、Mega11和RDP5软件对全基因组序列分别进行核苷酸一致率分析、系统进...

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Published in西南农业学报 Vol. 36; no. 12; pp. 2711 - 2717
Main Authors 朱晨, 唐伟, 阴筱, 董玲霞, 孙厚俊
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 江苏徐淮地区徐州农业科学研究所/农业农村部甘薯生物学与遗传育种重点实验室,江苏徐州 221131%山东省农业科学院湿地农业与生态研究所,济南 250100 2023
Subjects
Phylogenetic analysis
Canna indica L
Complete genomic sequence
美人蕉
系统进化分析
Canna yellow streak virus
全基因组测定
美人蕉黄条病毒
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ISSN1001-4829
DOI10.16213/j.cnki.scjas.2023.12.016

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Summary:S682.2+2; [目的]解析我国美人蕉黄条病毒(Canna yellow streak virus,CaYSV)的全基因组序列及遗传进化地位,为指导病害防控提供科学指导.[方法]通过反转录-聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)技术和快速扩增cD-NA末端(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术从江苏扬州和湖南长沙采集到的美人蕉病样中,扩增获得CaYSV全基因组序列,并利用MegAlign、Mega11和RDP5软件对全基因组序列分别进行核苷酸一致率分析、系统进化分析和重组分析.[结果]除poly(A)外,扬州分离物和长沙分离物全基因序列均为9501 nt,开放阅读框(Open reading fragment,ORF)均为9123 nt,编码3040个氨基酸组成的多聚蛋白.序列分析表明,CaYSV扬州分离物和长沙分离物与已报道的CaYSV分离物全基因组核苷酸序列一致率分别为93.9％～99.4％和94.0％～99.5％.根据外壳蛋白(Coat protein,CP)氨基酸序列构建系统进化树,CaYSV可以分为A和B 2个大组,其中A组又分为3个亚组.重组分析表明,CaYSV扬州和长沙分离物中均存在1个重组事件.[结论]CaYSV存在于我国江苏扬州和湖南长沙的美人蕉上.根据CaYSV的CP蛋白氨基酸构建系统进化树,扬州分离物和长沙分离物聚类到A1亚组,与泰国分离物K2、PHC478及俄罗斯分离物KS等亲缘关系较近.
ISSN:1001-4829
DOI:10.16213/j.cnki.scjas.2023.12.016