峨眉蔷薇Ro-DREB1C的克隆与生物信息学分析

• Published in: 西南农业学报 Vol. 31; no. 11; pp. 2248 - 2254
• Main Authors: 周宁宁, 王俊云, 李淑斌, 陈敏, 张颢, 王其刚
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 国家观赏园艺工程技术研究中心,云南昆明650200%云南省花卉技术培训推广中心,云南昆明,650000 2018; 云南省农业科学院花卉研究所,云南昆明650200
• Subjects: 生物信息学; DREB/CBF; 峨眉蔷薇; 基因克隆
• ISSN: 1001-4829
• DOI: 10.16213/j.cnki.scjas.2018.11.006

S658; [目的]丰富月季CBF基因研究的基础数据库,对蛾眉蔷薇原变种(Rosa omeiensis Rolfe f.omeiensis)CBF/DREB基因进行克隆和生物信息学分析.[方法]设计特异引物克隆Ro-DREB1C基因的完整CDS区及部分5’端和3 ’端UTR区序列,使用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的理化性质、二三级结构和预测亚细胞定位,构建系统进化树确定Ro-DREB1C隶属的基因家族.[结果]获得峨眉蔷薇Ro-DREB1C基因CDS区603 bp,GenBank登录号为KX397104,编码200个氨基酸.蛋白质分子式为C968H1539 N263 0299 S11,其中丝氨酸、亮氨酸和丙氨酸的频率较高,分别占11.5％、11.0％和9.5％,属于不稳定类、弱酸性、亲水蛋白;二级结构以无规则卷曲(71.5％)为主,不能被归入明确的二级结构如折叠片或螺旋的多肽区段;三级结构预测模板为d1 gcca,识别预测序列范围为59～119,识别长度61 bp;该蛋白质无跨膜区和信号肽的存在,亚细胞定位Ro-DREB1C分布在细胞核中的分布最多.与RhCBF比较:Ro-DREB1C的编码区没有单碱基的缺失或插入,共存在21个潜在SNP位点,导致10个差异氨基酸.系统进化分析表明Ro-DREB1C隶属于AP2家族DREB亚家族A-1亚组成员.[结论]峨眉蔷薇可作为优秀的月季耐寒育种材料加以保存和利用.