水稻DUF1771基因家族的全基因组鉴定与表达谱分析

S511.03; 未知功能结构域1771(domain of unknown function 1771,DUF1771)基因家族是植物中一个功能未被鉴定的家族.本研究通过生物信息学技术在水稻(Oryza sativa)中鉴定了5个DUF1771家族成员,与拟南芥(Arabidopsis thaliana)中鉴定到的4个DUF1771家族成员进行系统进化树分析,9个DUF1771家族成员可分为2个亚族,保守基序分析发现motif 1和motif 2在所有的DUF1771家族成员中存在.5个OsDUF1771基因家族成员的启动子中与各类胁迫响应和激素响应相关的顺式作用元件整体相对较少,以OsDU...

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Published in农业生物技术学报 Vol. 32; no. 3; pp. 493 - 504
Main Authors 肖秀文, 杜强, 王志龙, 高芙蓉, 杜文, 唐文帮, 陈秋红
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 国家耐盐碱水稻技术创新中心/湖南杂交水稻研究中心,长沙 410125 2024
水稻油菜抗病育种湖南省重点实验室,长沙 410128
水稻油菜抗病育种湖南省重点实验室,长沙 410128%湖南农业大学农学院,长沙 410128
湖南农业大学农学院,长沙 410128
Subjects
Phylogenetic analysis
进化分析
表达谱分析
水稻
Domain of unknown function 1771(DUF1771)gene family
Expression profile analysis
未知功能结构域1771(DUF1771)基因家族
Rice
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ISSN1674-7968
DOI10.3969/j.issn.1674-7968.2024.03.001

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Summary:S511.03; 未知功能结构域1771(domain of unknown function 1771,DUF1771)基因家族是植物中一个功能未被鉴定的家族.本研究通过生物信息学技术在水稻(Oryza sativa)中鉴定了5个DUF1771家族成员,与拟南芥(Arabidopsis thaliana)中鉴定到的4个DUF1771家族成员进行系统进化树分析,9个DUF1771家族成员可分为2个亚族,保守基序分析发现motif 1和motif 2在所有的DUF1771家族成员中存在.5个OsDUF1771基因家族成员的启动子中与各类胁迫响应和激素响应相关的顺式作用元件整体相对较少,以OsDUF1771-1为最少.实时荧光定量PCR分析显示,OsDUF1771家族成员在各类激素处理前后水稻中的表达水平变化幅度整体上不大.在低温、干旱和稻瘟菌(Magnaporthe oryzae)处理水稻时,OsDUF1771-1,2,3,5虽然有一些响应变化,但变化幅度亦不大,OsDUF1771-4对低温处理具有相对最大的响应,在处理12h的表达水平是未处理样品的4.54倍.在4个OsDUF1771家族成员的启动子中均发现了种子储存蛋白代谢调控相关元件O2-site,仅OsDUF1771-1的启动子中未发现此元件,这与各成员的组织表达谱检测结果相吻合,OsDUF1771-2,3,4,5均在穗中具有最高的表达水平,而OsDUF1771-1在叶中具有最高的表达水平,且OsDUF1771-1编码蛋白预测定位于叶绿体.此外OsDUF1771-3的启动子中还含有胚乳特异表达元件GCN4-motif,进一步说明OsDUF1771-3在水稻种子的胚乳储存蛋白代谢中发挥功能,本研究为深入解析OsDUF1771家族成员的生物学功能提供了重要线索.
ISSN:1674-7968
DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2024.03.001