葡萄VvCCD1b基因克隆及与其启动子互作的转录因子筛选

S663.103.6; [目的]筛选葡萄类胡萝卜素裂解双加氧酶(CCD)基因VvCCD1b启动子互作的转录因子,挖掘参与调控葡萄类胡萝卜素代谢的潜在因子,为深入探究葡萄类胡萝卜素的代谢调控网络提供理论参考.[方法]克隆VvCCD1b基因的cDNA及其启动子序列,利用生物信息学软件对VvCCD1b基因的染色体位置、启动子顺式作用元件及其编码蛋白的理化性质、保守结构域等进行预测分析.基于转录组数据分析不同葡萄品种及不同处理下葡萄CCD家族成员表达模式.通过酵母单杂交技术筛选与VvCCD1b基因启动子互作的转录因子,并进行点对点验证.[结果]通过PCR克隆获得VvCCD1b基因序列全长1641 bp...

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Published in南方农业学报 Vol. 55; no. 8; pp. 2215 - 2224
Main Authors 陈一恒, 李少楠, 董天宇, 唐美玲, 唐雯, 卢素文, 房经贵
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 南京农业大学园艺学院/江苏省果树品种改良与种苗繁育工程中心,江苏南京,210095%山东省烟台市农业科学研究院,山东烟台,265500 2024
Subjects
启动子
葡萄
VvCCD1b基因
transcription factors
yeast one-hybrid
酵母单杂交
VvCCD1b gene
promoter
转录因子
grape
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ISSN2095-1191
DOI10.3969/j.issn.2095-1191.2024.08.002

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Summary:S663.103.6; [目的]筛选葡萄类胡萝卜素裂解双加氧酶(CCD)基因VvCCD1b启动子互作的转录因子,挖掘参与调控葡萄类胡萝卜素代谢的潜在因子,为深入探究葡萄类胡萝卜素的代谢调控网络提供理论参考.[方法]克隆VvCCD1b基因的cDNA及其启动子序列,利用生物信息学软件对VvCCD1b基因的染色体位置、启动子顺式作用元件及其编码蛋白的理化性质、保守结构域等进行预测分析.基于转录组数据分析不同葡萄品种及不同处理下葡萄CCD家族成员表达模式.通过酵母单杂交技术筛选与VvCCD1b基因启动子互作的转录因子,并进行点对点验证.[结果]通过PCR克隆获得VvCCD1b基因序列全长1641 bp,位于13号染色体上,编码546个氨基酸残基,为亲水性蛋白,二级结构由α-螺旋(16.67％)、β-折叠(5.49％)、延伸链(24.54％)和无规则卷曲(53.30％)构成,具有RPE65保守结构域.VvCCD1b基因启动子含有光响应元件(G-box、3-AF1 binding site、GATA-motif、TCT-motif)、水杨酸(SA)响应元件(SARE)、脱落酸(ABA)响应元件(ABRE)及AP2/ERF、WRKY、MADS-box转录因子结合元件.VvCCD1b基因表达水平随果实发育逐渐升高且受光照与逆境胁迫的影响.以VvCCD1b基因启动子为诱饵,初步筛选出VvRAP2-4、VvWRKY4、VvBHLH137转录因子及葡萄液泡加工酶、葡萄糖苷酶等18个功能蛋白,其中VvRAP2-4、VvWRKY4转录因子与VvCCD1b基因启动子间存在互作.[结论]VvCCD1b为亲水性蛋白,基因表达水平随果实发育逐渐升高,且受到干旱、高温、水涝胁迫和光照的影响.通过酵母单杂交技术筛选出与VvCCD1b启动子互作的候选转录因子.
ISSN:2095-1191
DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2024.08.002