鳜肌钙蛋白基因鉴定及其序列结构与表达特征分析

• Published in: 南方农业学报 Vol. 54; no. 9; pp. 2624 - 2636
• Main Authors: 梁旭, 张琦, 李帅帅, 姚晓丽, 赵金良
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学),上海 201306 2023; 农业农村部淡水水产种质资源重点实验室(上海海洋大学),上海 201306; 水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心(上海海洋大学),上海 201306
• Subjects: 肌钙蛋白基因; Siniperca chuatsi; 表达特征; expression characteristics; troponin genes; protein isomerism; 鳜; skeletal muscle; 骨骼肌; 蛋白异构型
• ISSN: 2095-1191
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2023.09.013

S965.127; [目的]探究鳜(Siniperca chuatsi)骨骼肌生长发育中肌钙蛋白基因的表达特征,为鳜生长发育的研究提供基础资料.[方法]基于鳜转录组数据与基因组数据联合分析,筛选鉴定出鳜肌钙蛋白基因,通过BioEdit、ClustalW、MEGA 5.0、SWISS-MODEL及SMART等在线软件对鳜肌钙蛋白进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测鳜不同肌肉组织中肌钙蛋白基因的表达特异及孵化后10～60 d(10～60 dph)骨骼肌中肌钙蛋白基因的表达规律.[结果]共鉴定出11个鳜肌钙蛋白基因[3个TnnC基因(TnnC1a、TnnC1b和TnnC2)、5个TnnI基因(TnnI1a、TnnI1b、TnnI1c、TnnI1al和TnnI2)及3个TnnT基因(TnnT1、TnnT2a和TnnT3a)],各基因亚型间在基因结构、结合位点及蛋白三级结构存在明显差异,11个鳜肌钙蛋白基因分布在4条染色体上.鳜肌钙蛋白基因具有组织特异性:TnnC1a基因在慢肌中高表达,在心肌中的相对表达量次之;TnnC1b基因在慢肌中也呈高表达,除心肌外,TnnC1a和TnnC1b基因在其他类型肌肉组织中具有相似的表达模式;TnnC2基因在快肌和颊肌中高表达;TnnI1a、TnnI1c和TnnI1al基因在慢肌中高表达,且具有相似的表达模式;TnnI1b基因在心肌中高表达,慢肌中的相对表达量次之;TnnI2基因在快肌和颊肌中高表达;TnnT1基因在慢肌中高表达,TnnT2a基因在心肌中高表达,TnnT3a基因在快肌和颊肌中高表达.随着发育时间的推移,TnnC1a、TnnC1b、TnnI1b、TnnI1c、TnnI1al和TnnT1等基因的表达显著下调(P<0.05),但TnnC2、TnnI2和TnnT3a基因在30～60 dph仍维持在相对较高的表达水平.[结论]基于鳜转录组数据与基因组数据联合分析,共鉴定出11个鳜肌钙蛋白基因,其中TnnC2、TnnI2和TnnT3a基因可作为鳜骨骼肌快肌生长发育的重要分子标记基因.