新疆和西藏棕鳟群体的遗传多样性分析

S917.4; [目的]了解新疆和西藏地区棕鳟养殖群体的遗传多样性状况,解析两地棕鳟的亲缘关系和遗传差异,为棕鳟的分子辅助育种打下数据和方法基础.[方法]采用第二代高通量测序技术对来自新疆达坂城和西藏亚东的2个棕鳟群体各12个个体进行基因组重测序,利用鉴定得到的多态性信息位点进行群体结构、群体遗传多样性和群体间的选择消除分析.[结果]全基因组重测序在2个棕鳟群体中共获得4694474928条Illumina测序序列(reads),参考棕鳟基因组,共鉴定出8559684个单核苷酸多态性(SNP)位点,根据获得的SNP进行计算后发现,新疆和西藏棕鳟群体的遗传多样性指标相似,西藏棕鳟的遗传多样性略高...

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Published in南方农业学报 Vol. 53; no. 5; pp. 1425 - 1433
Main Authors 吴昊天, 李亚琳, 王军, 陈晓雯, 陆颖, 王成辉
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室(上海海洋大学),上海 201306%农业农村部淡水水产种质资源重点实验室(上海海洋大学),上海 201306 2022
Subjects
重测序
西藏
选择消除分析
棕鳟
群体遗传学
新疆
基因组
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ISSN2095-1191
DOI10.3969/j.issn.2095-1191.2022.05.025

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Summary:S917.4; [目的]了解新疆和西藏地区棕鳟养殖群体的遗传多样性状况,解析两地棕鳟的亲缘关系和遗传差异,为棕鳟的分子辅助育种打下数据和方法基础.[方法]采用第二代高通量测序技术对来自新疆达坂城和西藏亚东的2个棕鳟群体各12个个体进行基因组重测序,利用鉴定得到的多态性信息位点进行群体结构、群体遗传多样性和群体间的选择消除分析.[结果]全基因组重测序在2个棕鳟群体中共获得4694474928条Illumina测序序列(reads),参考棕鳟基因组,共鉴定出8559684个单核苷酸多态性(SNP)位点,根据获得的SNP进行计算后发现,新疆和西藏棕鳟群体的遗传多样性指标相似,西藏棕鳟的遗传多样性略高于新疆棕鳟.个体系统发育进化树、群体结构分析和多态性位点主成分分析均显示,2个群体的亲缘关系相近,而连锁不平衡衰减分析表明,西藏棕鳟群体受到的选择压力较大.基于群体分化指数(FST)和核苷酸多态性(Pi)计算的选择消除分析发现,主要在新疆群体的第5号和第19号染色体上,以及西藏群体的第17号和第18号染色体上的较大区域内存在强烈的选择信号,位于这些区域里的共94个基因可能受到较强的选择压力,其中有21个基因与免疫或疾病相关(17个来自于西藏群体,4个来自新疆群体).[结论]新疆棕鳟和西藏棕鳟源于同一种源,2个群体的遗传多样性差异较小.西藏棕鳟受到的环境选择压力更加明显,受到选择的基因以免疫相关基因为主.
ISSN:2095-1191
DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2022.05.025