基于GWAS的6个免疫相关基因在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达分析

免疫相关基因的筛选与研究是猪（Sus scrofa）抗病育种的前提与基础。本研究基于课题组前期对仔猪的T淋巴细胞亚群指标进行的全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）,对5号染色体上一个1.05 Mb免疫调控区域内包含的6个免疫相关基因：白细胞分化抗原4（cluster of differentiation 4,CD4）、淋巴细胞活化基因-3（lymphocyte activation gene-3,LAG3）、白细胞分化抗原27（cluster of differentiation 27,CD27）、淋巴毒素β-受体（lymphotoxin b...

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Published in农业生物技术学报 Vol. 26; no. 2; pp. 263 - 271
Main Author 赵雪艳;王彦平;呼红梅;王继英;郭建凤
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 2018
Subjects
CD27
CD4
CD9
TNFRSF1A
免疫相关基因
大蒲莲猪
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ISSN1674-7968

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Summary:免疫相关基因的筛选与研究是猪（Sus scrofa）抗病育种的前提与基础。本研究基于课题组前期对仔猪的T淋巴细胞亚群指标进行的全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）,对5号染色体上一个1.05 Mb免疫调控区域内包含的6个免疫相关基因：白细胞分化抗原4（cluster of differentiation 4,CD4）、淋巴细胞活化基因-3（lymphocyte activation gene-3,LAG3）、白细胞分化抗原27（cluster of differentiation 27,CD27）、淋巴毒素β-受体（lymphotoxin beta receptor,LTBR）瘤坏死因子受体超家族成员1A（tumor necrosis factor receptor superfamily member 1a,TNFRSF1A）和白细胞分化抗原9（cluster of differentiation 9,CD9）在大蒲莲和长白仔猪群体外周血液中的表达量进行检测,并对各基因开展品种和母猪效应分析,为进一步筛选影响大蒲莲仔猪高抗病力的候选基因提供借鉴。采集大蒲莲猪（104头）和长白猪（171头）35日龄仔猪的外周血,提取总RNA,逆转录为cDNA后,通过qRT-PCR的方法进行上述免疫相关基因和内参基因β2-微球蛋白（beta-2-microglobulin,B_2M）的表达水平检测,在对各免疫基因表达量通过内参基因校正后,对矫正后的表达量ΔCt在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达特征、品种和母猪效应进行分析。结果显示,大蒲莲仔猪CD4和CD27基因表达量极显著低于长白仔猪（P〈0.01）,且母猪效应差异也达到极显著水平（P〈0.01）;大蒲莲仔猪TNFRSF1A基因表达量显著低于长白仔猪（P〈0.05）;大蒲莲仔猪CD9基因表达量极显著高于长白仔猪（P〈0.01）。本研究对基于GWAS的6个免疫相关基因在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达开展分析,其中CD4、CD27、TNFRSF1A和CD9 4个基因在大蒲莲和长白仔猪群体间显著差异表达,这些基因可以考虑作为影响大蒲莲仔猪高抗病力的候选基因,为大蒲莲仔猪高抗病力性状的标记辅助选择研究提供基础。
Bibliography:ZHAO Xue-Yan, WANG Yan-Ping, HU Hong-Mei ,WANG Ji-Ying, GUO Jian-Feng （ Institute of Animal Science and Veterinary Medicine/Shandong Provincial Key Laboratory of Animal Disease Control and Breeding, Shandong Academy of Agricultural Sciences, Jinan 250100）
Screening immune-related genes is important for pig（Sus scrofa） disease resistant breeding. In ourprevious genome-wide association study（GWAS） of T lymphocyte subpopulation traits in piglets（Sus scrofa）,an immune regulation region of 1.05 Mb was identified, which contained 6 immune-related genes, that is,cluster of differentiation 4（CD4）, lymphocyte activation gene-3（LAG3）, cluster of differentiation（CD27）,lymphotoxin beta receptor（LTBR）, tumor necrosis factor receptor superfamily member 1 a（TNFRSF1 A） and cluster of differentiation（CD9）. In the present study, to unravel the 6 genes expression differences between breeds with different disease resistance, one typical Chinese indigenous breed（Dapulian） with higher disease resistance in North China and one comme
ISSN:1674-7968