牦牛DQA2基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

S823.85%Q81; 利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响.结果显示:牦牛DQA2基因多态性较高,共检测到14个SNP位点,仅有1个SNP位点位于内含子1上,其余13个均位于外显子区域,其中,9个SNP位点为错义突变,导致相应氨基酸发生改变.二级结构预测结果表明:8个SNP位点增大了mRNA二级结构的稳定性,4个位点降低了mRNA二级结构的稳定性.错义突变SNP位点均改变了牦牛D...

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Published in浙江大学学报（农业与生命科学版） Vol. 46; no. 3; pp. 376 - 382
Main Authors 李倬, 陈朗, 姜涛, 刘丽霞, 张丽, 王瑞, 李耀东
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 西北民族大学生命科学与工程学院,兰州,730030 01.06.2020
Subjects
生物信息学
牦牛
DQA2基因
单核苷酸多态性位点
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ISSN1008-9209
DOI10.3785/j.issn.1008-9209.2019.06.211

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Summary:S823.85%Q81; 利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响.结果显示:牦牛DQA2基因多态性较高,共检测到14个SNP位点,仅有1个SNP位点位于内含子1上,其余13个均位于外显子区域,其中,9个SNP位点为错义突变,导致相应氨基酸发生改变.二级结构预测结果表明:8个SNP位点增大了mRNA二级结构的稳定性,4个位点降低了mRNA二级结构的稳定性.错义突变SNP位点均改变了牦牛DQA2蛋白质二级结构,突变前后二级结构各组分中无规则卷曲所占比例最高,其次为延伸链,β-转角的比例最低.研究结果为探究牦牛主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病机制和免疫机制提供了有利条件,也为筛选牦牛抗病分子标记提供了理论基础.
ISSN:1008-9209
DOI:10.3785/j.issn.1008-9209.2019.06.211