VTCN1调控结肠癌细胞长链非编码RNA和mRNA的全基因表达谱分析

• Published in: 上海交通大学学报（医学版） Vol. 39; no. 3; pp. 270 - 277
• Main Authors: 褚以忞, 周锋利, 徐莹, 蒯榕, 李吉, 侯照远, 杨大明, 彭海霞
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 上海交通大学医学院附属同仁医院内窥镜室,上海,200336%上海交通大学基础医学院生物化学与分子细胞生物系,上海,200025 01.03.2019
• Subjects: 含V-set域T细胞激活抑制因子; 结肠癌; RNA测序; 生物信息学分析; 长链非编码RNA
• ISSN: 1674-8115
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-8115.2019.03.009

R735.3+5; 目的 ·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA (long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用.方法 ·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1116中过表达VTCN1,抽提RNA并测序,与阴性对照组比较分析差异表达的lncRNA和mRNA,并任意选取差异表达的lncRNA(3条)和mRNA(2条)进行实时定量PCR (qRT-PCR)验证RNA测序结果的准确性.通过BLAST2GO和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析预测这些差异表达lncRNA和mRNA的相关功能.利用线上平台GEPIA 18(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)分析差异表达lncRNA与结直肠癌患者生存期的相关性.结果 ·通过RNA测序在过表达VTCN1的SW1116细胞中发现了167条差异基因,包括39条lncRNA和128条mRNA.qRT-PCR检验结果与RNA测序结果变化趋势一致.生物信息学分析结果显示这些受VTCN1调控的差异基因可能参与了内质网中的蛋白处理、mRNA监控信号通路.另外,在过表达VTCN1的结肠癌细胞中明显上调的3条lncRNA(DNAJC9-AS1、HCG27和RP11-339B21.13),同时也是预测结直肠癌患者总生存期的独立因子.结论 ·在结肠癌细胞中VTCN1对下游多条lncRNA和mRNA具有调控作用,这些lncRNA和mRNA可能参与了内质网中的蛋白处理和mRNA监控信号通路.