BioMGE——一个用于采集和分析生物医用材料和多组学数据的数据库

R318; 随着机器学习技术的发展,生物医用材料的科学研究也逐渐走向数据驱动,利用生物测序技术来测试生物医用材料的生物功能,需要对生物医用材料进行进一步优化.因此,一个开放、共享的基础设施来存储来自不同研究领域的异构科学数据是多学科交叉联合分析的基石.本文介绍了BioMGE,一个基于灵活的自定义平台NMDMS(国家材料数据管理与服务平台)实现的数据库建设案例,用于收集生物医用材料和多组学测序数据.NMDMS的动态容器框架允许用户定义个性化的数据提交模式,存储来自生物医用材料和多组学研究领域的数据.自 2019 年以来,BioMGE已收集了 1547100 个生物医用材料和多组学数据集.BioM...

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Published in工程科学学报 Vol. 46; no. 2; pp. 279 - 289
Main Authors 龚海燕, 张晓彤, 张司臣, 李铭鸿, 赵赫, 王婧宇, 王秀梅, 陈阳
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 北京科技大学顺德创新学院,佛山 528399%北京中医药大学东直门医院骨科三科,北京 100700%北京中医药大学中医学院,北京 100029%清华大学材料科学与工程学院,新型陶瓷及其精细加工国家重点实验室,先进材料教育部重点实验室,北京 100084%中国医学科学院基础医学研究所,生物化学与分子生物学系,重大疾病共性机制研究全国重点实验室,北京 100005 01.02.2024
北京科技大学顺德创新学院,佛山 528399%北京科技大学计算机与通信工程学院,北京市高精尖中心,北京 100083
北京科技大学计算机与通信工程学院,北京市高精尖中心,北京 100083
北京科技大学新材料技术研究院,北京 100083
Subjects
生物医用材料
dynamic container database
heterogeneous data storage
动态容器数据库
多组学
异构数据存储
visualization
可视化
biomedical material
multi-omics
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ISSN2095-9389
DOI10.13374/j.issn2095-9389.2022.11.21.003

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Summary:R318; 随着机器学习技术的发展,生物医用材料的科学研究也逐渐走向数据驱动,利用生物测序技术来测试生物医用材料的生物功能,需要对生物医用材料进行进一步优化.因此,一个开放、共享的基础设施来存储来自不同研究领域的异构科学数据是多学科交叉联合分析的基石.本文介绍了BioMGE,一个基于灵活的自定义平台NMDMS(国家材料数据管理与服务平台)实现的数据库建设案例,用于收集生物医用材料和多组学测序数据.NMDMS的动态容器框架允许用户定义个性化的数据提交模式,存储来自生物医用材料和多组学研究领域的数据.自 2019 年以来,BioMGE已收集了 1547100 个生物医用材料和多组学数据集.BioMGE提供了数据导出接口,方便用户直接导出数据以进行数据分析.以组学数据可视化为例,提供BioMGE-viewer模块以实现对生物染色质结构数据从一维到三维的数据可视化.该数据库可为其他跨领域研究的数据共享提供了新的思路和平台.
ISSN:2095-9389
DOI:10.13374/j.issn2095-9389.2022.11.21.003