烟草甲气味结合蛋白与驱避配体的分子对接

Q966; [目的]本文旨在利用分子对接技术研究烟草甲气味结合蛋白与驱避配体的分子对接,以研发烟草甲新型驱避剂.[方法]利用AlphaFold2 软件预测11 个烟草甲气味结合蛋白(LserOBP)的三维结构,并以11 个LserOBP为受体和文献报道的对烟草甲具有驱避作用的 14 种分子为配体,利用Autodock Vina软件进行分子对接研究.[结果]通过AlphaFold2 构建的 11 个LserOBP的三维结构中,LserOBP2、LserOBP4、LserOBP5、LserOBP6、LserOBP8 和LserOBP9 与配体芦丁的结合位点位于α-螺旋形成的疏水腔中,与其他物种已解...

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Published in南京农业大学学报 Vol. 46; no. 4; pp. 688 - 697
Main Authors 常延斌, 王桂瑶, 奚家勤, 杨萌萌, 郭建华, 李玉娥, 梁伟, 宋纪真
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国烟草总公司郑州烟草研究院,河南 郑州 450001%吉林烟草工业有限责任公司,吉林 延吉 133001%广西中烟工业有限责任公司,广西 南宁 530000 01.07.2023
Subjects
烟草甲
Autodock Vina
molecular docking
气味结合蛋白
AlphaFold2
Lasioderma serricorne
分子对接
odorant-binding proteins
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ISSN1000-2030
DOI10.7685/jnau.202206005

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Summary:Q966; [目的]本文旨在利用分子对接技术研究烟草甲气味结合蛋白与驱避配体的分子对接,以研发烟草甲新型驱避剂.[方法]利用AlphaFold2 软件预测11 个烟草甲气味结合蛋白(LserOBP)的三维结构,并以11 个LserOBP为受体和文献报道的对烟草甲具有驱避作用的 14 种分子为配体,利用Autodock Vina软件进行分子对接研究.[结果]通过AlphaFold2 构建的 11 个LserOBP的三维结构中,LserOBP2、LserOBP4、LserOBP5、LserOBP6、LserOBP8 和LserOBP9 与配体芦丁的结合位点位于α-螺旋形成的疏水腔中,与其他物种已解析出的OBP 和配体间的结合位点相似.LserOBP1、LserOBP3、LserOBP5、LserOBP6 和LserOBP8 与茴香烯、对甲基苯异丙醇、3-蒈烯、肉桂酸甲酯、肉桂酸乙酯、避蚊胺、乙酸松油酯和芦丁均有较好的结合能力,这几种化合物具有开发为新型烟草甲驱避剂的应用前景.LserOBP与配体的结合能力可能与LserOBP的三维结构、配体的相对分子质量和其所含有的官能团有关.在一定的范围内,LserOBP与相对分子质量较大的配体结合能力更强.LserOBP可以与配体间形成疏水相互作用力、氢键、盐桥、π-π堆积和π-阳离子堆积,其中起主要作用的是疏水相互作用力和氢键,且苯丙氨酸、酪氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、缬氨酸、色氨酸、赖氨酸和丙氨酸可能在LserOBP行使识别、结合气味分子中发挥着重要作用.[结论]利用分子对接技术明确了烟草甲 11 个气味结合蛋白和 14 个驱避气味分子的相互作用关系,为开发烟草甲新型驱避剂奠定了基础.
ISSN:1000-2030
DOI:10.7685/jnau.202206005