头颈部鳞癌程序性死亡配体-1的共表达基因及 调控网络的生物信息学分析

• Published in: 华西口腔医学杂志 Vol. 37; no. 5; pp. 516 - 520
• Main Authors: 杨利洒, 石从郁, 梁宇豪, 刘曈, 侯笑茹, 田旭东, 王晓毅
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 口腔疾病研究国家重点实验室 国家口腔疾病临床医学研究中心四川大学华西口腔医院头颈肿瘤外科,成都,610041 01.10.2019
• Subjects: 头颈部鳞癌; 生物信息学; 程序性死亡配体-1; 程序性死亡受体-1
• ISSN: 1000-1182
• DOI: 10.7518/hxkq.2019.05.012

Q786; 目的 运用生物信息学的方法绘制头颈部鳞癌(HNSCC)中程序性死亡配体-1(PD-L1)共表达基因关系网络,筛选潜在的PD-L1的协同标志物,寻找可能的PD-L1基因调控肿瘤免疫状态的基因和通路.方法 利用癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)中的大样本HNSCC的转录组学数据,在cBioPortal数据平台进行基因集的检索,筛选PD-L1共表达基因,在R语言的clusterProfiler中进行GO-BP和KEGG富集分析,再进行分子关系网络分析,提取重要节点基因(hub基因),再进行生存分析.结果 筛选出共表达基因117个,共表达基因主要富集在免疫调节和病毒反应过程.网络节度分析得到了10个hub基因,依次为STAT1、IFNG、CXCL10、CCR5、FCGR3A、CXCL9、GBP5、CD86、GZMB、IRF1.生存分析显示:CCR5、CXCL9、GZMB是HNSCC预后相关的重要基因.这些基因均参与了免疫过程,其表达与PD-L1相关(Pearson相关系数为0.30、0.35、0.39,P值均小于0.01).这些基因高表达在HNSCC中均为保护因素.结论 HNSCC中的PD-L1共表达的主要基因均为免疫相关基因,其中CCR5、CXCL9、GZMB与PD-L1存在共表达关系,与预后相关,其可能与程序性死亡受体-1(PD-1)/PD-L1介导的肿瘤免疫逃避相关,为进一步研究PD-1/PD-L1的作用机制和精准靶向治疗提供了新的参考.