荷花PIN基因家族的鉴定及非生物胁迫表达分析

Q943%Q786%Q789%S682.32; [目的]探究荷花中NnPIN家族成员的特征及在非生物胁迫响应中的作用,为荷花抗逆新品种的选育提供新的基因资源.[方法]采用生物信息学方法对荷花NnPIN家族进行全基因组鉴定,并通过qRT-PCR技术分析了其在低温(4 ℃)、水淹及外源3 mmol/L脱落酸(ABA)处理下的表达模式.[结果](1)荷花基因组中共鉴定出12个具跨膜结构域的NnPIN基因,分别命名为NnPIN1～12,且分布在6条染色体上,并主要定位于质膜和内质网;(2)系统进化分析表明,NnPIN蛋白可根据中央亲水环的长度分为经典型和非经典型2种类型,且同一类型具相似结构;经典型具...

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Published in西北植物学报 Vol. 44; no. 1; pp. 1 - 12
Main Authors 程志鹏, 汪仲毅, 匡健华, 赵晗茜, 陈龙清, 胡慧贞
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 西南林业大学园林园艺学院,云南省功能性花卉资源及产业化技术工程研究中心,昆明 650224 2024
Subjects
生物信息学
expression pattern
非生物胁迫
bioinformatics
PIN gene family
lotus
荷花
PIN基因家族
表达模式
abiotic stress
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ISSN1000-4025
DOI10.7606/j.issn.1000-4025.20230500

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Summary:Q943%Q786%Q789%S682.32; [目的]探究荷花中NnPIN家族成员的特征及在非生物胁迫响应中的作用,为荷花抗逆新品种的选育提供新的基因资源.[方法]采用生物信息学方法对荷花NnPIN家族进行全基因组鉴定,并通过qRT-PCR技术分析了其在低温(4 ℃)、水淹及外源3 mmol/L脱落酸(ABA)处理下的表达模式.[结果](1)荷花基因组中共鉴定出12个具跨膜结构域的NnPIN基因,分别命名为NnPIN1～12,且分布在6条染色体上,并主要定位于质膜和内质网;(2)系统进化分析表明,NnPIN蛋白可根据中央亲水环的长度分为经典型和非经典型2种类型,且同一类型具相似结构;经典型具完整的motif 1～12,而非经典型则缺失中央亲水环部分(motif 6,8,9,12);(3)NnPIN基因在启动子区域具有大量光响应、非生物胁迫和激素响应元件,并特异性地具有厌氧、脱落酸(ABA)、低温等响应元件;(4)NnPIN基因(除NnPIN8外)均正向响应外源ABA和低温胁迫,而NnPIN6和NnPIN7正向响应水淹胁迫,NnPIN1、NnPIN2、NnPIN3、NnPIN4、NnPIN5、NnPIN8、NnPIN9 和 NnPIN12 则负向响应水淹胁迫.[结论]NnPIN基因家族特异性参与荷花非生物逆境胁迫响应.
ISSN:1000-4025
DOI:10.7606/j.issn.1000-4025.20230500