灰飞虱G蛋白偶联受体基因的鉴定与分析

S433.3; [目的]利用灰飞虱(Laodelphax striatellus)基因组和转录组数据鉴定灰飞虱G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor,GPCR)基因.[方法]构建灰飞虱基因组和转录组本地数据库,以黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)和豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)的GPCR基因为参照序列进行本地BLAST,去除冗余和不含多跨膜螺旋结构的序列后获得灰飞虱GPCR基因;利用NCBI CD-Search对灰飞虱GPCR序列进行跨膜结构域分析;利用Clustal W进行序列比对,并用MEGA 6软件构建灰飞虱GPCR...

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Published in南京农业大学学报 Vol. 45; no. 4; pp. 699 - 710
Main Authors 徐圣, 张怡萍, 韩召军, 吴敏
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 南京农业大学植物保护学院,江苏 南京210095 2022
Subjects
基因家族
G蛋白偶联受体
灰飞虱
基因重复与缺失
特征基序
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ISSN1000-2030
DOI10.7685/jnau.202110041

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Summary:S433.3; [目的]利用灰飞虱(Laodelphax striatellus)基因组和转录组数据鉴定灰飞虱G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor,GPCR)基因.[方法]构建灰飞虱基因组和转录组本地数据库,以黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)和豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)的GPCR基因为参照序列进行本地BLAST,去除冗余和不含多跨膜螺旋结构的序列后获得灰飞虱GPCR基因;利用NCBI CD-Search对灰飞虱GPCR序列进行跨膜结构域分析;利用Clustal W进行序列比对,并用MEGA 6软件构建灰飞虱GPCR系统发育树.[结果]鉴定了114个灰飞虱GPCR基因,它们分属于A、B、C和D这4个家族.灰飞虱A家族的GPCR数量最多,尤其是其中的神经肽和蛋白激素受体亚家族的基因数量达55个.与黑腹果蝇的GPCR相比,灰飞虱GPCR不仅种类丰富,而且有基因重复和可能的缺失现象.[结论]灰飞虱具有较为全面的GPCR系统,本研究完善了灰飞虱GPCR基因的信息,为进一步研究灰飞虱GPCR的功能奠定了基础.
ISSN:1000-2030
DOI:10.7685/jnau.202110041