类风湿关节炎的潜在生物标志物及其免疫调控机制:基于GEO数据库

• Published in: 南方医科大学学报 Vol. 44; no. 6; pp. 1098 - 1108
• Main Authors: 陈莉莉, 吴天宇, 张铭, 丁子夏, 张妍, 杨依清, 郑佳倩, 张小楠
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 山东第一医科大学运动医学与康复学院,山东 泰安 271016%蚌埠医科大学 临床医学院,安徽 蚌埠,233030%蚌埠医科大学 心脑血管疾病基础与临床重点实验室,安徽 蚌埠,233030 01.06.2024; 蚌埠医科大学 卫生管理学院,安徽 蚌埠,233030%蚌埠医科大学 公共卫生学院,安徽 蚌埠,233030%蚌埠医科大学 心脑血管疾病基础与临床重点实验室,安徽 蚌埠,233030
• Subjects: 免疫调控; 生物信息学; 机器学习; biomarkers; bionformatic; 生物标志物; 类风湿关节炎; immune regulatory; machine learning; rheumatoid arthritis
• ISSN: 1673-4254
• DOI: 10.12122/j.issn.1673-4254.2024.06.10

目的 探讨类风湿关节炎(RA)的潜在发病机制,挖掘可以作为RA早期诊断的生物标志物,并探究其可能的免疫调控机制.方法 依托GEO数据库多个基因组数据,利用limma包、RRA方法、批次矫正方法与clusterProfiler包筛选差异表达基因并预测其作用功能;通过STRING在线数据库得到蛋白质互作网络,利用Cytoscape3.8.0软件与GeneMANIA数据库筛选差异表达关键基因并预测其互作机制;构建ROC工作曲线验证关键基因诊断模型的信效度,并通过机器学习方法筛选疾病特征免疫细胞;使用corrplot包分析特征免疫细胞与疾病关键基因的相关性;使用GSEA富集方法探究关键基因生物学功能和相关性;通过构建胶原诱导性关节炎(CIA)大鼠模型探究具有较高诊断价值的差异基因在RA滑膜组织中的表达情况.结果 得到与RA密切相关核心关键基因9个,分别为:CD3G、CD8A、SYK、LCK、IL2RG、STAT1、CCR5、ITGB2、ITGAL,富集分析结果表明差异基因可能主要通过细胞因子相关通路调控滑膜炎症;ROC工作曲线分析表明9个核心基因的预测模型信效度较高,其中STAT1预测模型的AUC值最高(0.909);相关性分析结果显示,CD3G、ITGAL、LCK、CD8A和STAT1等5个核心基因与疾病特征免疫细胞相关性较强,其中STAT1与M1型巨噬细胞的相关性联系最强(R=0.68,P<0.001);CIA大鼠膝关节的HE、番红-O固绿染色结果表明关节炎大鼠造模成功且药物治疗有效,免疫荧光结果表明STAT1和磷酸化的STAT1在CIA大鼠踝关节滑膜组织中表达高于正常组和治疗组;免疫印迹实验结果表明,STAT1蛋白表达量在滑膜成纤维细胞的细胞核(P=0.0002)与细胞质(P<0.0001)中存在差异,且经过治疗,细胞核内p-STAT1与STAT1的蛋白表达量显著降低(P<0.0001).结论 CD3G、CD8A、SYK、LCK、IL2RG、STAT1、CCR5、ITGB2与ITGAL等9个基因可作为RA的早期诊断生物标志物,CD3G/CD8A/LCK-γδ T细胞、ITGAL-Tfh细胞、STAT1-M1型巨噬细胞等基因-免疫细胞途径可能与RA的发生发展密切相关.