低温胁迫下组蛋白H3K18cr在水稻全基因组上的动态变化特征解析

组蛋白修饰在水稻响应非生物胁迫的过程中发挥着重要作用.巴豆酰化是一种新型的组蛋白修饰方式,其在水稻受到低温逆境时如何变化目前很少有见报道.本研究对正常生长和低温处理的水稻日品种本晴幼苗进行RNA-seq 和 ChIP-seq 高通量测序,然后联合分析组蛋白 H3 赖氨酸 18 特异位点上巴豆酰化修饰(H3K18cr)在低温胁迫下对基因表达的调控特征.研究表明,在基因组中 H3K18cr 主要富集在第 1 外显子和基因间区,且与基因表达和基因长度呈现正相关.低温胁迫下,H3K18cr 在水稻基因组上的分布区域没有变化,但是蛋白免疫印记和 ChIP-seq结果均表明整体修饰水平下降;差异修饰分析发...

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Published in作物学报 Vol. 49; no. 9; pp. 2398 - 2411
Main Authors 刘凯, 陈积金, 刘帅, 陈旭, 赵新茹, 孙尚, 薛超, 龚志云
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室 / 植物功能基因组学教育部重点实验室 / 江苏省作物遗传生理重点实验室 / 扬州大学农学院, 江苏扬州 225009%江苏省粮食作物现代产业技术协同创新中心 / 扬州大学, 江苏扬州 225009%江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室 / 植物功能基因组学教育部重点实验室 / 江苏省作物遗传生理重点实验室 / 扬州大学农学院, 江苏扬州 225009 12.09.2023
江苏省粮食作物现代产业技术协同创新中心 / 扬州大学, 江苏扬州 225009
Subjects
H3K18cr
基因表达
水稻
cold stress
rice
gene expression
低温胁迫
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ISSN0496-3490
DOI10.3724/SP.J.1006.2023.22059

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Summary:组蛋白修饰在水稻响应非生物胁迫的过程中发挥着重要作用.巴豆酰化是一种新型的组蛋白修饰方式,其在水稻受到低温逆境时如何变化目前很少有见报道.本研究对正常生长和低温处理的水稻日品种本晴幼苗进行RNA-seq 和 ChIP-seq 高通量测序,然后联合分析组蛋白 H3 赖氨酸 18 特异位点上巴豆酰化修饰(H3K18cr)在低温胁迫下对基因表达的调控特征.研究表明,在基因组中 H3K18cr 主要富集在第 1 外显子和基因间区,且与基因表达和基因长度呈现正相关.低温胁迫下,H3K18cr 在水稻基因组上的分布区域没有变化,但是蛋白免疫印记和 ChIP-seq结果均表明整体修饰水平下降;差异修饰分析发现低温胁迫后有 899 个和 409 个基因分别表现出修饰显著增加和减少.通过与RNA-seq关联分析显示共有 199 个基因H3K18cr修饰水平增高且表达水平上调,GO富集分析发现这些基因主要参与转录活性的调控等过程.进一步验证表明组蛋白H3K18cr通过调控OsDREB1A、OsEATB、OsAP2-39、OsNAC9 等转录因子的表达来参与水稻低温胁迫的响应过程.相关研究结果为解析组蛋白巴豆酰化调控植物响应低温胁迫的表观遗传机制提供理论基础.
ISSN:0496-3490
DOI:10.3724/SP.J.1006.2023.22059