大麦籽粒β-葡聚糖含量的全基因组关联分析及候选基因预测

利用高通量SNP芯片对 238份不同来源的大麦种质资源进行基因型分析,并测定 2年的籽粒β-葡聚糖含量,通过基于PCA模型的一般线性模型(general linear model,GLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS).结果表明,238 份大麦材料的β-葡聚糖含量分布在 1.23%～6.55%和 1.79%～6.64%之间且均呈正态分布.GWAS分析共检测到 19 个显著的SNP标记,分布在 1H、2H、3H、4H和 5H染色体上,可解释表型变异的 7.39%～10.29%.在显著关联的SNP位点上下游各 300 kb范围内进行候选...

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Published in作物学报 Vol. 50; no. 10; pp. 2483 - 2492
Main Authors 鲁宗辉, 司二静, 叶霈颖, 汪军成, 姚立蓉, 马小乐, 李葆春, 王化俊, 尚勋武, 孟亚雄
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 甘肃农业大学农学院,甘肃兰州 730070%省部共建干旱生境作物学国家重点实验室/甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室,甘肃兰州 730070 12.10.2024
甘肃农业大学生命科学技术学院,甘肃兰州 730070%甘肃农业大学农学院,甘肃兰州 730070
省部共建干旱生境作物学国家重点实验室/甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室,甘肃兰州 730070
Subjects
β-glucan
大麦
全基因组关联分析
β-葡聚糖
barley
SNP标记
SNP marker
genome-wide association analysis
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ISSN0496-3490
DOI10.3724/SP.J.1006.2024.31084

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Summary:利用高通量SNP芯片对 238份不同来源的大麦种质资源进行基因型分析,并测定 2年的籽粒β-葡聚糖含量,通过基于PCA模型的一般线性模型(general linear model,GLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS).结果表明,238 份大麦材料的β-葡聚糖含量分布在 1.23%～6.55%和 1.79%～6.64%之间且均呈正态分布.GWAS分析共检测到 19 个显著的SNP标记,分布在 1H、2H、3H、4H和 5H染色体上,可解释表型变异的 7.39%～10.29%.在显著关联的SNP位点上下游各 300 kb范围内进行候选基因挖掘,共寻找到 37 个基因,基于前人研究和BLAST基因注释共筛选到 4 个最有可能与β-葡聚糖合成相关的候选基因,在最显著SNP位点B1_1033963 上游 89 kb处找到候选基因HORVU.MOREX.r3.1HG0000140,该基因可能是与β-葡聚糖合成过程紧密相关的基因.本研究可为大麦β-葡聚糖含量遗传改良提供理论指导与优异基因资源.
ISSN:0496-3490
DOI:10.3724/SP.J.1006.2024.31084