基于高通量测序技术的转基因玉米GM11061分子特征研究

鉴定外源DNA片段在受体基因组中的插入位点、整合序列与拷贝数信息是转基因植物安全评价体系的关键环节.传统的转基因植物分子特征鉴定技术繁杂费力、耗时低效且具有一定的局限性.本研究利用基因组重测序技术与实验室自建的数据分析流程,针对转基因玉米GM11061开展了分子特征鉴定研究,结果表明:外源DNA片段仅插入受体基因组一个拷贝,位于5号染色体198,621,57～198,621,620 bp之间,不含载体骨架序列,并通过Sanger测序验证了其上下游结合位点.测序数据量梯度分析显示,最低～5×的重测序原始数据可实现该整合位点的鉴定.本研究证实Illumina高通量测序技术与配套的数据分析方法结合可...

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Published in作物学报 Vol. 48; no. 7; pp. 1843 - 1850
Main Authors 杨迎霞, 张冠, 王梦梦, 陆国清, 王倩, 陈锐
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 天津市农业科学院种质资源与生物技术研究所,天津 300381%天津市农业科学院种质资源与生物技术研究所,天津 300381 12.07.2022
天津商业大学生物技术与食品科学学院/天津市食品生物技术重点实验室,天津 300134
Subjects
高通量测序
分子特征
转基因玉米
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ISSN0496-3490
DOI10.3724/SP.J.1006.2022.13043

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Summary:鉴定外源DNA片段在受体基因组中的插入位点、整合序列与拷贝数信息是转基因植物安全评价体系的关键环节.传统的转基因植物分子特征鉴定技术繁杂费力、耗时低效且具有一定的局限性.本研究利用基因组重测序技术与实验室自建的数据分析流程,针对转基因玉米GM11061开展了分子特征鉴定研究,结果表明:外源DNA片段仅插入受体基因组一个拷贝,位于5号染色体198,621,57～198,621,620 bp之间,不含载体骨架序列,并通过Sanger测序验证了其上下游结合位点.测序数据量梯度分析显示,最低～5×的重测序原始数据可实现该整合位点的鉴定.本研究证实Illumina高通量测序技术与配套的数据分析方法结合可实现简易、快速、精准的植物分子特征鉴定研究.本研究结果有助于植物功能基因组学基础研究,同时也为转基因安全评价体系的完善提供技术支撑.
ISSN:0496-3490
DOI:10.3724/SP.J.1006.2022.13043