长江上游鱼类环境DNA通用引物的选择与验证

S932.4; 为了选择出适合使用eDNA技术对长江上游鱼类多样性进行研究的通用引物,本研究选择10对扩增序列位于12SrRNA、16SrRNA、Cytb和CO Ⅰ基因片段的常用引物,分别为 Mifish-U、AcMDB07、Teleo、12SPv、Fish16S1、Ve16Sl、PSI、G、VeCB1、FishCB,对长江上游常见的32种鱼类和3种其他水域鱼类肌肉组织提取的DNA扩增.结果显示,有6对引物均能扩增出全部35种鱼类,但引物Mifish-U的扩增效果最好.进一步使用引物Mifish-U对长江上游屏山县、涪陵区和巫山县3个采样点的水样eDNA进行高通量测序,共检测到80种鱼类,包括...

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Published in水产学报 Vol. 48; no. 6; pp. 98 - 110
Main Authors 吕宏森, 王安香, 董智玲, 闫卉果, 龚志韬, 刘嘉豪, 姚维志, 何文平
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 西南大学,淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室,重庆 400715 2024
西南大学水产学院,重庆 400715%西南大学水产学院,重庆 400715
Subjects
universal primers
environmental DNA
通用引物
fish
Mifish-U
the upper Yangtze River
长江上游
鱼类
eDNA
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ISSN1000-0615
DOI10.11964/jfc.20220813650

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Summary:S932.4; 为了选择出适合使用eDNA技术对长江上游鱼类多样性进行研究的通用引物,本研究选择10对扩增序列位于12SrRNA、16SrRNA、Cytb和CO Ⅰ基因片段的常用引物,分别为 Mifish-U、AcMDB07、Teleo、12SPv、Fish16S1、Ve16Sl、PSI、G、VeCB1、FishCB,对长江上游常见的32种鱼类和3种其他水域鱼类肌肉组织提取的DNA扩增.结果显示,有6对引物均能扩增出全部35种鱼类,但引物Mifish-U的扩增效果最好.进一步使用引物Mifish-U对长江上游屏山县、涪陵区和巫山县3个采样点的水样eDNA进行高通量测序,共检测到80种鱼类,包括本研究使用的32种长江上游鱼类,其辨别度较高.使用引物Mifish-U对室内养殖3种鱼类的水样eDNA进行高通量测序后定性定量分析,结果显示黄颡鱼和鲤的生物量与序列数相关性显著,引物Mifish-U进行eDNA定量分析的潜力较大.研究表明,引物Mifish-U更适合作为eDNA研究长江上游鱼类多样性的通用引物.本研究可为利用eDNA技术监测长江上游鱼类多样性的引物选择提供参考.
ISSN:1000-0615
DOI:10.11964/jfc.20220813650