尖翅燕鱼染色体水平基因组与特征分析

S917.4; 尖翅燕鱼(Platax teira)具有生长速度快、肉质鲜美、营养价值高等特点,其外形奇特,尤其幼鱼更为特殊,可作为观赏鱼,是南海发展网箱养殖的重要潜力鱼类之一.由于目前缺乏尖翅燕鱼的基因组信息,其多数功能基因未被挖掘,已成为制约其遗传育种的重要因素.运用三代测序技术和组装获得染色体水平的尖翅燕鱼高质量基因组图谱,通过基因组注释获得尖翅燕鱼基因组序列的基本生物学信息.结果显示,尖翅燕鱼基因组大小为697.98 Mb,Hi-C挂载至24条染色体,挂载率为99.26％,含重复序列177.79Mb,占整个基因组的25.47％,注释到22 851个蛋白编码基因.系统进化分析显示尖翅燕鱼...

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Published in南方水产科学 Vol. 20; no. 6; pp. 31 - 42
Main Authors 欧阳焱, 潘瑾岷, 冼霖, 刘宝锁, 郭华阳, 朱腾飞, 张楠, 朱克诚, 张殿昌
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室,广东 广州 510300%三亚热带水产研究院,海南三亚 572000 01.12.2024
中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室,广东 广州 510300
广东省渔业生态环境重点实验室,广东 广州 510300
大连海洋大学水产与生命学院,辽宁大连 116023
三亚热带水产研究院,海南三亚 572000
Subjects
染色体
Ephippidae
Comparative genomics
Chromosome
基因组
白鲳科
尖翅燕鱼
Genome
Platax teira
比较基因组
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ISSN2095-0780
DOI10.12131/20240112

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Summary:S917.4; 尖翅燕鱼(Platax teira)具有生长速度快、肉质鲜美、营养价值高等特点,其外形奇特,尤其幼鱼更为特殊,可作为观赏鱼,是南海发展网箱养殖的重要潜力鱼类之一.由于目前缺乏尖翅燕鱼的基因组信息,其多数功能基因未被挖掘,已成为制约其遗传育种的重要因素.运用三代测序技术和组装获得染色体水平的尖翅燕鱼高质量基因组图谱,通过基因组注释获得尖翅燕鱼基因组序列的基本生物学信息.结果显示,尖翅燕鱼基因组大小为697.98 Mb,Hi-C挂载至24条染色体,挂载率为99.26％,含重复序列177.79Mb,占整个基因组的25.47％,注释到22 851个蛋白编码基因.系统进化分析显示尖翅燕鱼与波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)亲缘关系最近,分化时间距今约82.89 Ma.正选择基因主要富集在与离子通道和心脏功能有关的通路中,扩张的基因家族主要富集在嗅觉传导和氮代谢通路上,揭示了其在特定环境中的生存、适应依据和生态适应策略.
ISSN:2095-0780
DOI:10.12131/20240112