酒精性肝炎microRNA-mRNA差异表达网络的生物信息学分析

摘要:目的构建酒精性肝炎 (AH) 的microRNA-mRNA差异表达网络,寻找AH新的诊疗靶标。方法筛选AH差异表达的microRNA和mRNA;基于TargetScan、DIANA、MIRDB、PICTAR、miRWalk2. 0等软件寻找差异microRNA靶基因,选取差异mRNA中与microRNA变化方向相反的靶基因,构建关键microRNA-mRNA网络;通过注释、可视化和集成发现数据库 (DAVID) 对相关靶基因进行基因本体论 (GO) 分析、京都基因与基因组百科全书数据库 (KEGG) 通路分析;通过GCBI (www. gcbi. com. cn) 在线软件对靶基因进行疾...

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Published inLinchuang gandanbing zazhi Vol. 35; no. 3; pp. 585 - 591
Main Authors 张秀芝, 李宁宁, 刘晓丽, 亢春彦, 张进忠
Format Journal Article
LanguageChinese
Published Changchun Journal of Clinical Hepatology 01.03.2019
河南医学高等专科学校病理教研室,郑州,451191%河南省人民医院检验科,郑州,475000
Subjects
Hepatitis
Medical diagnosis
MicroRNAs
Proteins
微RNA
基因调控网络
RNA,信使
肝炎,酒精性
信号传导
基因疗法
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ISSN1001-5256
2097-3497
DOI10.3969/j.issn.1001-5256.2019.03.026

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Summary:摘要:目的构建酒精性肝炎 (AH) 的microRNA-mRNA差异表达网络,寻找AH新的诊疗靶标。方法筛选AH差异表达的microRNA和mRNA;基于TargetScan、DIANA、MIRDB、PICTAR、miRWalk2. 0等软件寻找差异microRNA靶基因,选取差异mRNA中与microRNA变化方向相反的靶基因,构建关键microRNA-mRNA网络;通过注释、可视化和集成发现数据库 (DAVID) 对相关靶基因进行基因本体论 (GO) 分析、京都基因与基因组百科全书数据库 (KEGG) 通路分析;通过GCBI (www. gcbi. com. cn) 在线软件对靶基因进行疾病富集分析和核心网络构建;通过Cytoscape软件中GeneMANIA数据库 (genemania. org) 对关键靶基因进行蛋白相互作用分析,对比3种方法通路分析寻找AH发生过程中的关键通路。结果构建以hsa-mir-21-5p、hsa-mir-148a-3p和hsa-mir-30e-5p等5个差异microRNA及Ⅳ胶原α1链 (COL4A1) 、血栓反应素2 (THBS2) 和整合素亚单位α6 (ITGA6) 等51个靶基因为...
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ISSN:1001-5256
2097-3497
DOI:10.3969/j.issn.1001-5256.2019.03.026