TM6SF2在肝细胞癌组织中的表达及其生物信息学功能分析

摘要:目的利用肿瘤数据库挖掘数据并分析TM6SF2在肝细胞癌 (HCC) 组织中的表达情况,同时探讨TM6SF2的生物学作用及功能。方法利用GEPIA数据库分析HCC组织中的TM6SF2基因mRNA水平的变化。利用OncoLnc做TM6SF2基因的表达水平与HCC患者生存期的相关性分析。利用cBioPortal数据库和LinkedOmics数据库分析TM6SF2在HCC组织中存在的表达相关基因。利用DAVID6. 8和STRING数据库对TM6SF2及其表达相关基因进行生物信息分析。用t检验验证HCC与癌旁组织基因mRNA表达差异。用Spearman相关系数分析基因表达的相关性。采用Kapla...

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Published inLinchuang gandanbing zazhi Vol. 35; no. 8; pp. 1734 - 1739
Main Authors 肖剑寒, 刘守胜, 赵真真, 辛永宁, 宣世英
Format Journal Article
LanguageChinese
Published Changchun Journal of Clinical Hepatology 01.08.2019
青岛大学附属青岛市市立医院 感染性疾病科,山东青岛,266011%青岛大学附属青岛市市立医院 中心实验室,山东青岛,266011%青岛大学附属青岛市市立医院 感染性疾病科,山东青岛266011
青岛大学附属青岛市市立医院 中心实验室,山东青岛266011
Subjects
Bioinformatics
Data mining
Fatty acids
Genes
Liver cancer
跨膜蛋白6超家族成员2
癌,肝细胞
数据库,遗传学
信息学
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ISSN1001-5256
2097-3497
DOI10.3969/j.issn.1001-5256.2019.08.017

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Summary:摘要:目的利用肿瘤数据库挖掘数据并分析TM6SF2在肝细胞癌 (HCC) 组织中的表达情况,同时探讨TM6SF2的生物学作用及功能。方法利用GEPIA数据库分析HCC组织中的TM6SF2基因mRNA水平的变化。利用OncoLnc做TM6SF2基因的表达水平与HCC患者生存期的相关性分析。利用cBioPortal数据库和LinkedOmics数据库分析TM6SF2在HCC组织中存在的表达相关基因。利用DAVID6. 8和STRING数据库对TM6SF2及其表达相关基因进行生物信息分析。用t检验验证HCC与癌旁组织基因mRNA表达差异。用Spearman相关系数分析基因表达的相关性。采用Kaplan-Meier生存分析计算生存率,采用广义log-rank检验估计生存率的差异。结果与正常肝组织相比,HCC组织中TM6SF2基因mRNA水平呈低表达 (|log2FC|cut-off=0. 5,P <0. 01) 。相比高表达的患者,TM6SF2低表达可明显降低HCC患者的总体生存时间 (χ2=9. 897,P <0. 01) 。数据分析显示,在HCC组织中与TM6SF2表达相关基因共49个。GO分析...
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ISSN:1001-5256
2097-3497
DOI:10.3969/j.issn.1001-5256.2019.08.017