국내에서 발생하는 Apple scar skin viroid 분리주에 대한 계통분석

• Published in: Sigmulbyeong yeon'gu Vol. 21; no. 4; pp. 346 - 350
• Main Authors: 조강희(Kang Hee Cho), 김인수(In Soo Kim), 길의준(Eui Joon Kil), 박서준(Seo Jun Park), 김세희(Se Hee Kim), 최인명(In Myung Choi), 김대현(Dae Hyun Kim)
• Format: Journal Article
• Language: Korean
• Published: 한국식물병리학회 2015
• Subjects: 농학; Phylogenetic analysis; Sequencing; Apple scar skin viroid
• ISSN: 1598-2262; 2233-9191
• DOI: 10.5423/RPD.2015.21.4.346

To identify genome sequences of Apple scar skin viroid (ASSVd) isolates in Korea, the field survey was performed from 'Hongro' apple orchards located in eight sites in South Korea (Bongwha, Cheongsong, Dangjin, Gimchoen, Muju, Mungyeong, Suwon, and Yeongwol). ASSVd was detected by RT-PCR and PCR fragments were cloned into cloning vector. Full-length viral genomes of eight ASSVd isolates were sequenced and compared with 21 isolates reported previously from Korea, India, China, Japan and Greece. Eight isolates in this study showed 92.2-99.7% nucleotide sequence identities with those reported previously. Phylogenetic analysis showed that seven isolates reported in this study belong to the same group distinct from other groups. 국내에서 재배되는 사과 '홍로'에 발생하는 Apple scar skin viroid병의 유전자 계통분석을 하기 위하여 바이로이드 증상이 나타나는 8개 지역(봉화, 청송, 당진, 김천, 무주, 문경, 수원, 영월)의 농가에서 수집한 시료를 RT-PCR 방법을 이용하여 바이로이드 검정을 실시하였다. 검출된 바이로이드의 클로닝과 유전자 염기서열 분석을 통해 8종의 분리주들을 확인하였고 한국, 인도, 중국, 일본 및 그리스에서 보고된 21종의 분리주와 염기서열을 비교하였다. 8개의 분리주들의 핵산 서열은 기존에 보고된 분리주들과 92.2-99.7%의 상동성을 나타냈다. 계통분석을 통해 본 연구에서 보고한 7종의 분리주들은 기존의 것들과 독립된 그룹에 속하는 것으로 나타났다.