クロスプロファイル解析において同定されたタンパク質セグメントの収斂進化

「1. はじめに」生物のゲノムにコードされているタンパク質は進化の所産であり, 一般に, 必要な構造や機能が保持される限り許されるアミノ酸置換が起こっている. 配列解析の分野では, こうしたアミノ酸配列の進化情報の利用は, 遠縁タンパク質の検出や2次構造予測, コンタクト予測等に有効であることが知られている. 遠縁タンパク質の検出には, タンパク質アミノ酸配列のマルチプルアラインメントから計算されるプロファイルと称されるスコアテーブルが利用される. ここでプロファイルとは, 一般に, 同族であると推測されるアミノ酸配列のマルチプルアラインメントの各残基位置における20種類のアミノ酸ごとの出現傾...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in生物物理 Vol. 53; no. 2; pp. 101 - 102
Main Authors 富井, 健太郎, 本田, 真也
Format Journal Article
LanguageJapanese
Published 一般社団法人 日本生物物理学会 2013
日本生物物理学会
Online AccessGet full text
ISSN0582-4052
1347-4219
DOI10.2142/biophys.53.101

Cover

Abstract 「1. はじめに」生物のゲノムにコードされているタンパク質は進化の所産であり, 一般に, 必要な構造や機能が保持される限り許されるアミノ酸置換が起こっている. 配列解析の分野では, こうしたアミノ酸配列の進化情報の利用は, 遠縁タンパク質の検出や2次構造予測, コンタクト予測等に有効であることが知られている. 遠縁タンパク質の検出には, タンパク質アミノ酸配列のマルチプルアラインメントから計算されるプロファイルと称されるスコアテーブルが利用される. ここでプロファイルとは, 一般に, 同族であると推測されるアミノ酸配列のマルチプルアラインメントの各残基位置における20種類のアミノ酸ごとの出現傾向をスコア化したものであり, 進化上許容された, 残基位置特異的なアミノ酸の置換パターンが表現されているものと考えられる. 高速近似局所アラインメント法であるBLASTが, このプロファイルと逐次的探索を組み合わせることで, 非常に強力な遠縁配列検出法であるPSI-BLAST1)に発展したことは, 周知の通りであろう.
AbstractList 「1. はじめに」生物のゲノムにコードされているタンパク質は進化の所産であり, 一般に, 必要な構造や機能が保持される限り許されるアミノ酸置換が起こっている. 配列解析の分野では, こうしたアミノ酸配列の進化情報の利用は, 遠縁タンパク質の検出や2次構造予測, コンタクト予測等に有効であることが知られている. 遠縁タンパク質の検出には, タンパク質アミノ酸配列のマルチプルアラインメントから計算されるプロファイルと称されるスコアテーブルが利用される. ここでプロファイルとは, 一般に, 同族であると推測されるアミノ酸配列のマルチプルアラインメントの各残基位置における20種類のアミノ酸ごとの出現傾向をスコア化したものであり, 進化上許容された, 残基位置特異的なアミノ酸の置換パターンが表現されているものと考えられる. 高速近似局所アラインメント法であるBLASTが, このプロファイルと逐次的探索を組み合わせることで, 非常に強力な遠縁配列検出法であるPSI-BLAST1)に発展したことは, 周知の通りであろう.
Author 富井, 健太郎
本田, 真也
Author_xml – sequence: 1
  fullname: 富井, 健太郎
  organization: 独立行政法人産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
– sequence: 1
  fullname: 本田, 真也
  organization: 独立行政法人産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門
BookMark eNo1kLtKxEAUhgdRcL20vkXWuWSSSSniDRZstB5mJhPNsmYlWQs7k1iILF4KFSwUURQUL2glFj7MYUXfwqyX5v8P5_Id-EfQYNJOLEITBNcpcemkjtvrq5tZnbM6wWQA1QhzfcelJBhENcwFdVzM6TAaz7JYY8oID3jg1VAMxSOU91C8QnnSL8ojKC6guILy7vPm8uPsAPI7yHch34b8unfQ7T2cQl7tdCE_h-IdyhcoDyvI58stFG9QPEF58dPcgfyht7_3cVx8bT33usdjaChSrcyO__koWp6dWZqedxqLcwvTUw2nSbmHHRtRJQzxjPEi4WrmhtQXRGmCrU8jLYzvKhPZgAhGtQijUIeB9m2kTeBh6gdsFM39ctdsGBvVaietOLGy2d5Ik-qvtMbLrN7oSIoJkxhzhmllQuIquL5UmQWC-15FmvolNbOOWrFyPY3XVLopVdqJTcvKv8wlZ5L2pX__PzOrKpVNxb4BetuiBQ
ContentType Journal Article
Copyright 2013 by THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
Copyright_xml – notice: 2013 by THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
CorporateAuthor 独立行政法人産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
独立行政法人産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門
CorporateAuthor_xml – name: 独立行政法人産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
– name: 独立行政法人産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門
DOI 10.2142/biophys.53.101
DatabaseTitleList
DeliveryMethod fulltext_linktorsrc
Discipline Biology
EISSN 1347-4219
EndPage 102
ExternalDocumentID ec6sebut_2013_005302_008_0101_01021998576
article_biophys_53_2_53_101_article_char_ja
GroupedDBID 123
2WC
ABDBF
ABJNI
ACPRK
ACUHS
ALMA_UNASSIGNED_HOLDINGS
CS3
ESX
JSF
KQ8
MOJWN
OK1
RJT
TUS
XSB
ID FETCH-LOGICAL-j2560-ef2a8c16cc6f84b34d2781ab10e72fb8c74acfe91832b8dfdbd9b7efbc9602793
ISSN 0582-4052
IngestDate Thu Jul 10 16:12:40 EDT 2025
Wed Sep 03 05:50:45 EDT 2025
IsDoiOpenAccess true
IsOpenAccess true
IsPeerReviewed true
IsScholarly true
Issue 2
Language Japanese
LinkModel OpenURL
MergedId FETCHMERGED-LOGICAL-j2560-ef2a8c16cc6f84b34d2781ab10e72fb8c74acfe91832b8dfdbd9b7efbc9602793
OpenAccessLink https://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/53/2/53_101/_article/-char/ja
PageCount 2
ParticipantIDs medicalonline_journals_ec6sebut_2013_005302_008_0101_01021998576
jstage_primary_article_biophys_53_2_53_101_article_char_ja
PublicationCentury 2000
PublicationDate 20130000
PublicationDateYYYYMMDD 2013-01-01
PublicationDate_xml – year: 2013
  text: 20130000
PublicationDecade 2010
PublicationTitle 生物物理
PublicationTitleAlternate 生物物理
PublicationYear 2013
Publisher 一般社団法人 日本生物物理学会
日本生物物理学会
Publisher_xml – name: 一般社団法人 日本生物物理学会
– name: 日本生物物理学会
References 2) Tomii, K., Akiyama, Y. (2004) Bioinformatics 20, 594-595.
3) Tomii, K. et al. (2005) Proteins 61, 114-121.
1) Altschul, S. F. et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25, 3389-3402.
5) Sawada, Y., Honda, S. (2009) J. Comput. Aided Mol. Des. 23, 163-169.
4) 富井健太郎 (2006) 生物物理46, 106-110.
6) Tomii, K. et al. (2012) BMC Bioinformatics 13, 11.
References_xml – reference: 3) Tomii, K. et al. (2005) Proteins 61, 114-121.
– reference: 4) 富井健太郎 (2006) 生物物理46, 106-110.
– reference: 5) Sawada, Y., Honda, S. (2009) J. Comput. Aided Mol. Des. 23, 163-169.
– reference: 2) Tomii, K., Akiyama, Y. (2004) Bioinformatics 20, 594-595.
– reference: 6) Tomii, K. et al. (2012) BMC Bioinformatics 13, 11.
– reference: 1) Altschul, S. F. et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25, 3389-3402.
SSID ssib023159596
ssib000937335
ssib002670255
ssib003996564
ssib003110662
ssib002670974
ssib058494307
ssib002223875
ssib003171105
ssib006286220
ssj0032501
ssib002484301
Score 1.927426
Snippet 「1. はじめに」生物のゲノムにコードされているタンパク質は進化の所産であり, 一般に, 必要な構造や機能が保持される限り許されるアミノ酸置換が起こっている. 配列解析の...
SourceID medicalonline
jstage
SourceType Publisher
StartPage 101
Title クロスプロファイル解析において同定されたタンパク質セグメントの収斂進化
URI https://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/53/2/53_101/_article/-char/ja
http://mol.medicalonline.jp/library/journal/download?GoodsID=ec6sebut/2013/005302/008&name=0101-0102j
Volume 53
hasFullText 1
inHoldings 1
isFullTextHit
isPrint
ispartofPNX 生物物理, 2013, Vol.53(2), pp.101-102
journalDatabaseRights – providerCode: PRVAFT
  databaseName: Colorado Digital library
  customDbUrl:
  eissn: 1347-4219
  dateEnd: 99991231
  omitProxy: true
  ssIdentifier: ssj0032501
  issn: 0582-4052
  databaseCode: KQ8
  dateStart: 19610101
  isFulltext: true
  titleUrlDefault: http://grweb.coalliance.org/oadl/oadl.html
  providerName: Colorado Alliance of Research Libraries
– providerCode: PRVEBS
  databaseName: EBSCOhost Academic Search Ultimate
  customDbUrl: https://search.ebscohost.com/login.aspx?authtype=ip,shib&custid=s3936755&profile=ehost&defaultdb=asn
  eissn: 1347-4219
  dateEnd: 99991231
  omitProxy: true
  ssIdentifier: ssj0032501
  issn: 0582-4052
  databaseCode: ABDBF
  dateStart: 20091201
  isFulltext: true
  titleUrlDefault: https://search.ebscohost.com/direct.asp?db=asn
  providerName: EBSCOhost
link http://utb.summon.serialssolutions.com/2.0.0/link/0/eLvHCXMwpR1Na9VAMNSKIIj4ifWLHtyTvJpsPnbXk8lrHkVQEFroLbzkJdCCrdjXg558eR5EitaDFTwoRVGwWMWexIM_Znml_gjBmU32NZEiVi9h3szuzsxOtjOzzc4axqWUCpqasddIIOdpOCzOGsJrew0LYu20I9o0FXga-cZNb2rGuT7rzo4c-Fn5amm5G08k9_c8V_IvVgUc2BVPye7DssNBAQEw2BeeYGF4_pWNSWgTTonfUoBN_MkSE4gSI1idBBhX97I04Og2AQk58RnxbRJ6RIREmIpkKZICuK8BR5M8ErrYkjcR8KGXbjPkhaQC09ISapkDWwtmVdThiPd93TjQgKlFtX7vzrmWJ0QxeIvwUGnhYcdQ4CcdAVWkJimut9VBOQkZEY6SjREuiC9qAKo23L9UKraUQg4JfFQRXlI1LLB2FdlRkgslVbjbEWRpEr9ZcgNVVEeGWGTtoNVEq7oNU5yfVUtG0TkqAXMDuhbjAKtAqSuC0mhBYWElW-BfVlyZEqzO_o_KKi0mlWVhIBDPr_gLF5IliL8L55YW_sx2YAVqr1Q6vKI6c7mwacV7WeW-Ulr-onv5WKzRBwsjnlvEvbcJ154YdqvVLS9XRVQ2jFw7oviA1pGm4cnCaB7Sm4OUQaCI31TcqmQHEDrb1WgeQlnOatX4HNusRJ8ewwy59ltUshsbQl2vUh0TQmfAVNwd5P7V0kl4apvuZlOQCbnC3a1OCaE73l0w3N-xIZtQF3RqOxQ1YnG-rtRnC6Ldecj9sKjHkdvF_2OLujiV0Hb6mHG0zEnH_WK6jhsj8-0TxqHiltp7J405mX-S_Y8y_yr7LxDoP5f5uszfyv7Gzvs3269WZW9D9h7L3kPZezdYXRlsvpQ9aLMie69l_l32t2T_GQyys_VB5t9k_ln21xXykextDp4-2V7Lfzz4MlhZO2XMtMLp5lSjvKGlMY-pUiPNaJsnlpckXsad2HY6lHGrHVtmymgW84Q57SRLBcYNMe9knbgjYpZmcSI88A3CPm2MLiwupGeM8TiD-U0sN2OZcCzucGZRM8UKmB1HuKY5Zlwt5iy6U5Thifbxgo0Z12rzHJV_xJeiNPGW0ni5G-GajjAkMWmkbubFYbDgJh5Cdpl39n_4nzMOU3WNDm7dnjdGu3eX0wuQzHTji-qV_wWjXBJK
linkProvider Colorado Alliance of Research Libraries
openUrl ctx_ver=Z39.88-2004&ctx_enc=info%3Aofi%2Fenc%3AUTF-8&rfr_id=info%3Asid%2Fsummon.serialssolutions.com&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%B9%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E8%A7%A3%E6%9E%90%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%84%E3%81%A6%E5%90%8C%E5%AE%9A%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%9F%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E3%82%BB%E3%82%B0%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%8E%E6%96%82%E9%80%B2%E5%8C%96&rft.jtitle=%E7%94%9F%E7%89%A9%E7%89%A9%E7%90%86&rft.au=%E5%AF%8C%E4%BA%95%2C+%E5%81%A5%E5%A4%AA%E9%83%8E&rft.au=%E6%9C%AC%E7%94%B0%2C+%E7%9C%9F%E4%B9%9F&rft.date=2013&rft.pub=%E4%B8%80%E8%88%AC%E7%A4%BE%E5%9B%A3%E6%B3%95%E4%BA%BA+%E6%97%A5%E6%9C%AC%E7%94%9F%E7%89%A9%E7%89%A9%E7%90%86%E5%AD%A6%E4%BC%9A&rft.issn=0582-4052&rft.eissn=1347-4219&rft.volume=53&rft.issue=2&rft.spage=101&rft.epage=102&rft_id=info:doi/10.2142%2Fbiophys.53.101&rft.externalDocID=article_biophys_53_2_53_101_article_char_ja
thumbnail_l http://covers-cdn.summon.serialssolutions.com/index.aspx?isbn=/lc.gif&issn=0582-4052&client=summon
thumbnail_m http://covers-cdn.summon.serialssolutions.com/index.aspx?isbn=/mc.gif&issn=0582-4052&client=summon
thumbnail_s http://covers-cdn.summon.serialssolutions.com/index.aspx?isbn=/sc.gif&issn=0582-4052&client=summon