番茄bZIP基因家族的系统进化分析

bZIP基因家族是一类广泛存在于真核生物中的转录因子家族,参与多个植物生长发育及生物和非生物胁迫的响应过程。目前,已对多个物种的bZIP基因家族进行信息学分析,而未见番茄中bZIP基因家族的分析报道。通过番茄基因组数据库,鉴定和分析番茄bZIP转录因子家族,获得76个bZIP基因家族成员;根据系统进化、基因结构和保守序列的分析将这些基因分成16个亚类;染色体分布和遗传分析揭示,番茄bZIP基因家族存在于12条染色体上并主要以片段复制的方式进行扩增。研究结果为揭示番茄和其他物种的bZIP基因家族成员的功能奠定理论基础。...

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Bibliographic Details
Published in东北农业大学学报 Vol. 45; no. 9; pp. 47 - 55
Main Author 张珍珠 陈秀玲 王沛文 戚飞 谢莹 王傲雪
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 齐齐哈尔大学化学与化学工程学院，黑龙江 齐齐哈尔 161006 2014
东北农业大学生命科学学院，哈尔滨 150030
黑龙江省高校农业生物功能基因重点实验室，东北农业大学，哈尔滨 150030%东北农业大学园艺学院,哈尔滨,150030%东北农业大学生命科学学院，哈尔滨 150030
东北农业大学园艺学院，哈尔滨 150030
黑龙江省高校农业生物功能基因重点实验室，东北农业大学，哈尔滨 150030
Subjects
bZIP
基因复制
生物信息学
番茄
系统进化
基因复制
系统进化
bZIP
生物信息学
番茄
phylogenetic
gene duplication
bioinformatic
tomato
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ISSN1005-9369

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Summary:bZIP基因家族是一类广泛存在于真核生物中的转录因子家族,参与多个植物生长发育及生物和非生物胁迫的响应过程。目前,已对多个物种的bZIP基因家族进行信息学分析,而未见番茄中bZIP基因家族的分析报道。通过番茄基因组数据库,鉴定和分析番茄bZIP转录因子家族,获得76个bZIP基因家族成员;根据系统进化、基因结构和保守序列的分析将这些基因分成16个亚类;染色体分布和遗传分析揭示,番茄bZIP基因家族存在于12条染色体上并主要以片段复制的方式进行扩增。研究结果为揭示番茄和其他物种的bZIP基因家族成员的功能奠定理论基础。
Bibliography:tomato; bZlP; bioinformatic; phylogenetic; gene duplication
Basic region leucine zipper proteins （bZlP） family is a kind of transcriptional factor and presents in all eukaryotes, involved in various processes of plant growth and development and response to biotic and abiotic stress, bZIP gene family have been reported in a few species about information analysis, but no news in tomato. We performed a genome-wide identification and analysis of the bZlP transcription factors that exist in the tomato genome. Total 76 bZIP gene family members were identified and categorized into 16 groups based on their gene structures, conserved motifs and phylogenetic relationships. The segmental duplication was the predominant way of bZIP gene expansion upon the gene distribution in chromosome and genetic analysis. The results of this study would provide a very useful reference for revealing the function analysis of tomato bZIP gene family and other species.
23-1391/S
ZHANG Zhenzhu, CHEN Xiuling, WANG Peiwen, QI Fei, XlE Ying, WAN
ISSN:1005-9369