葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析

【目的】明确葡萄miR169（vvi-miR169）基因家族在葡萄生长发育及逆境胁迫响应中的重要作用，为其在葡萄分子育种和抗逆新品种选育中的应用提供参考依据。【方法】利用miRNA、Phytozome、NCBI等数据库及ClustalX2.1、MEGA6.0、RNAfoldWebServer、psRNATarget等在线软件对vvi-miR169基因家族的序列分布、定位特征、二级结构、发育进化树和靶基因调控功能进行生物信息学分析。【结果】在miRBase中搜索到25条vvi-miR169基因同源序列，分别分布在6条染色体上，其中以位于Chr11上的序列最多，共有17条，位于Chr01、Chr0...

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Published in南方农业学报 Vol. 48; no. 8; pp. 1329 - 1334
Main Author 方辉;曲俊杰;孙嘉曼;尹玲;潘凤英
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁,530007%广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁 530007 2017
广西农业科学院,南宁 530007
Subjects
葡萄;miR169基因;靶基因;NF-YA转录因子;生物信息学
生物信息学
transcription factor NF-YA
葡萄
miR169基因
target gene
bioinformatics
miR169 gene
NF-YA转录因子
Vitis vinifera
靶基因
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ISSN2095-1191
DOI10.3969/j.issn.2095-1191.2017.08.01

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Summary:【目的】明确葡萄miR169（vvi-miR169）基因家族在葡萄生长发育及逆境胁迫响应中的重要作用，为其在葡萄分子育种和抗逆新品种选育中的应用提供参考依据。【方法】利用miRNA、Phytozome、NCBI等数据库及ClustalX2.1、MEGA6.0、RNAfoldWebServer、psRNATarget等在线软件对vvi-miR169基因家族的序列分布、定位特征、二级结构、发育进化树和靶基因调控功能进行生物信息学分析。【结果】在miRBase中搜索到25条vvi-miR169基因同源序列，分别分布在6条染色体上，其中以位于Chr11上的序列最多，共有17条，位于Chr01、Chr04和Chr14上各有2条，而在Chr08和Chr17上各有1条。vvi-miR169基因家族成熟序列的碱基保守性很高，其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构，且位于同一条染色体上的miR169基因序列显示出相对更近的亲缘关系。vvi-miR169基因家族共预测到21个靶基因，绝大部分miRNA都有多个靶基因，且不同miRNA具有相同的靶基因，其中有22个miRNA靶基因均含有GSVIVT01015120001（NF-YA转录因子）。【结论】vvi-miR169基因家族序列保守性较高，家族特征明显，且具有相似的调控功能；NF-YA转录因子是vvi-miR169基因家族最主要的靶基因，也是葡萄生长发育过程中抗逆境胁迫的主要调控元件。
Bibliography:45-1381/S
Objective】The important role of miR169(vvi-miR169)gene family in Vitis vinifera during the growth and stress response was clarified,which could provide reference for its application in molecular breeding and resistance breeding in Vitis vinifera.【Method】By utilizing miRNA,Phytozome and NCBI database,ClustalX2.1,MEGA6,RNAfold,WebServer,psRNATarget and other online softwares,bioinformatics analysis for vvi-miR169gene family was conducted,including its sequences,distribution characteristics,the secondary structure,phylogenetic tree and target gene regulation function.【Result】Twenty-five vvi-miR169homologous gene sequences which were searched in the miRBase distributed on six chromosomes.Chr11had the most gene sequences(17sequences)distributed on.There were two sequences on Chr01,Chr04and Chr14,while only one on Chr08and Chr17.Base of vvi-miR169gene family mature sequence was of highly conservation.Its precursor sequence could form a stable two stem loop structure,and miR169gene sequence on the same chro
ISSN:2095-1191
DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2017.08.01