砂糖桔全长cDNA文库的构建及病程相关蛋白基因的克隆与分析

为从分子水平上了解影响砂糖桔生理代谢、生长发育、病虫害抗性和品质的众多基因，以无籽砂糖桔幼叶为材料，应用SMART技术构建了cDNA文库，检测文库发现其库容量达到1．36×10^6，重组率为95％，插入片段绝大多数分布在0．6～2kb之间，有36％的插入片段是全长cDNA。随机挑选224个克隆进行测序，获得了1个病程相关蛋白基因的全长cDNA序列。将基因序列提交GenBank，编号为KJ000019。基因的CDS长429bp，5’UTR为43bp，3’UTR为235bp，编码长度为143个氨基酸残基的蛋白。基因位于第8染色体上，有1个长度为193bp的内含子，基因编码的蛋白质分子量为15．4k...

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Published in广东农业科学 Vol. 42; no. 16; pp. 89 - 95
Main Author 胡亚平 郭雁君 吉前华 蒋惠 郭丽英 张小凤 周希琴
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 肇庆学院果树研究所/肇庆学院生命科学学院,广东肇庆,526061 2015
Subjects
cDNA文库
病程相关蛋白
砂糖桔
砂糖桔
病程相关蛋白
cDNA文库
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ISSN1004-874X

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Summary:为从分子水平上了解影响砂糖桔生理代谢、生长发育、病虫害抗性和品质的众多基因，以无籽砂糖桔幼叶为材料，应用SMART技术构建了cDNA文库，检测文库发现其库容量达到1．36×10^6，重组率为95％，插入片段绝大多数分布在0．6～2kb之间，有36％的插入片段是全长cDNA。随机挑选224个克隆进行测序，获得了1个病程相关蛋白基因的全长cDNA序列。将基因序列提交GenBank，编号为KJ000019。基因的CDS长429bp，5’UTR为43bp，3’UTR为235bp，编码长度为143个氨基酸残基的蛋白。基因位于第8染色体上，有1个长度为193bp的内含子，基因编码的蛋白质分子量为15．4ku，等电点为6．96。该蛋白N端含有长度约为22aa的信号肽序列，指导蛋白分泌到细胞外；剩余部分是一个典型的Barwin保守结构域，具有几丁质酶的活性，在受到细菌、真菌侵染时可以分解部分真菌和细菌的细胞壁，发挥抗病作用。
Bibliography:44-1267/S
Citrus flamea Hort. ex Tseng. Shiyueju; cDNA library; pathogenesis-related protein
To better understand the molecular mechanisms underlying metabolism, development, disease resistance and quality of citrus, we constructed a full-length cDNA library from Citrus Shatangiu （ seedless ） by using SMARTTM technology. This high quality cDNA library featured as a storage capacity of 1.36 × 10^6 with more than 95% recombinant, containing a wide range of insert size from 0.6-2 kb. 224 clones were randomly picked up from the library and sequenced, 36% of the clones were full length cDNAs. One of them, pathogenesis-related protein gene was submitted to GenBank with accesses number KJ000019. Bioinformatics analysis found that the full-length of pathogenesis-related protein cDNA was 707 bp, with a CDS of 459 bp, a 43 bp 5＇ UTR and a 235 bp 3＇ UTR, encoding a protein with 143 amino acid residues, the corresponding genomic sequence contained one intron with 193 bp. The molecular weight of the protein was 15.4 ku, wit
ISSN:1004-874X