真菌漆酶基因的密码子偏好性分析

漆酶是一种含铜的多酚氧化酶，广泛地存在于各种植物和真菌中。研究使用CodonW和CUSP相关程序对18条真菌漆酶基因CDS序列的密码子使用情况进行分析，比较了真菌漆酶基因与枯草芽孢杆菌、大肠杆菌以及毕赤酵母的密码子偏好性。结果表明，真菌漆酶基因偏好使用以G／C结尾的密码子，29种偏好密码子（相对使用度（RSCU）〉1）中偏好性较强的密码子有ATC、CTC、CGC、GTC和TAG（RSCU≥1．5）；聚类分析发现，AY450404．1和GU480806．1、XM_951846．2和XM_001228805．1及XM_001389488．2和XM-001818019．2聚为一类，与系统分类关系一致...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in江西农业学报 Vol. 27; no. 5; pp. 65 - 70
Main Author 段庆虎 张应香 龚凤萍 竹玮 韩玉玲 尹川川 祁玉良 段仁周
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 信阳市农业科学院,河南 信阳,464000 2015
Subjects
密码子优化
密码子偏好性
异源表迭
漆酶基因
真菌
Fungus
漆酶基因
真菌
异源表达
密码子偏好性
Laccase gene
Codon usage bias
密码子优化
Heterogeneous expression
Codon optimization
Online AccessGet full text
ISSN1001-8581

Cover

More Information
Summary:漆酶是一种含铜的多酚氧化酶，广泛地存在于各种植物和真菌中。研究使用CodonW和CUSP相关程序对18条真菌漆酶基因CDS序列的密码子使用情况进行分析，比较了真菌漆酶基因与枯草芽孢杆菌、大肠杆菌以及毕赤酵母的密码子偏好性。结果表明，真菌漆酶基因偏好使用以G／C结尾的密码子，29种偏好密码子（相对使用度（RSCU）〉1）中偏好性较强的密码子有ATC、CTC、CGC、GTC和TAG（RSCU≥1．5）；聚类分析发现，AY450404．1和GU480806．1、XM_951846．2和XM_001228805．1及XM_001389488．2和XM-001818019．2聚为一类，与系统分类关系一致，其余都不一致；在密码子的使用频率上，真菌漆酶基因的密码子用法与枯草芽孢杆菌、大肠杆菌和毕赤酵母的基因组密码子用法都有不同程度的偏好差异，其中与大肠杆菌的密码子用法差异最小，故大肠杆菌更适合作为真菌漆酶基因的外源表达宿主。如果要在上述几种表达系统中实现真菌漆酶基因的高效表达则需对真菌漆酶基因的部分密码子进行优化改造。
Bibliography:Fungus; Laccase gene; Codon usage bias; Codon optimization; Heterogeneous expression
DUAN Qing-hu, ZHANG Ying-xiang, GONG Feng-ping, ZHU Wei, HAN Yu-ling, YIN Chuan-chuan, QI Yu-liang, DUAN Ren-zhou （ Xinyang Academy of Agricultural Sciences in Henan Province, Xinyang 464000
36-1124/S
Laccase is a kind of polyphenol oxidase which contains copper, and widely exists in all kinds of plants and fungi. The coding sequences of 18 laccase genes from fungi were analyzed to identify their codon usage bias by using CodonW and CUSP programs. The codon bias of fungal laccase genes was compared with that of Bacillus subtilis, Escherichia coli and Pichia pastoris. The results showed that most of fungal laccase genes were bias toward the synonymous codons with G and C at the third codon posi- tion. There were twenty- nine biased codons [ relative synonymous codon usage （RSCU） 〉 1.0 ], among them the codons with stronger bias character （RSCU ≥ 1.5） were ATC, CTC, CGC, GTC and TAG. Clustering analysis showed that AY450404.1 and
ISSN:1001-8581