西门塔尔牛HDAC1基因SNP检测及其与屠宰性状的相关性分析

通过对37头西门塔尔牛第2条染色体上的组蛋白去乙酰化酶1基因（HDAC1）的Intron 4-Intron5、Intron10-Intron 11和3’非翻译区进行克隆和序列分析，采用SSCP分析方法和PCR产物直接测序的方法，判定SNP基因型，并分析SNP基因型与屠宰性状的相关性。结果发现，西门塔尔牛的HDAC1基因Intron4-Intron5以及3’端非翻译区没有突变位点；在HDAC1基因Intron10-Intron11区存在1个突变位点，该突变位点位于测序结果的110bp处，为A／G突变，其中AG杂合子频率（48．6％）与纯合子GG／AA频率（51．4％）大致相当，但G等位基因频率（...

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Published in广东农业科学 Vol. 43; no. 2; pp. 128 - 132
Main Author 杨颖 施巧婷 陆江 石德顺 徐照学 李湘萍
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 广西大学动物科学技术学院,广西南宁,530004%河南省农科院畜牧研究所,河南郑州,476800%湖北医药学院麻醉学研究所/湖北医药学院附属太和医院,湖北十堰,442000 2016
Subjects
单核苷酸多态性
屠宰性状
组蛋白去乙酰化酶1
西门塔尔牛
组蛋白去乙酰化酶1
屠宰性状
单核苷酸多态性
西门塔尔牛
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ISSN1004-874X

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Summary:通过对37头西门塔尔牛第2条染色体上的组蛋白去乙酰化酶1基因（HDAC1）的Intron 4-Intron5、Intron10-Intron 11和3’非翻译区进行克隆和序列分析，采用SSCP分析方法和PCR产物直接测序的方法，判定SNP基因型，并分析SNP基因型与屠宰性状的相关性。结果发现，西门塔尔牛的HDAC1基因Intron4-Intron5以及3’端非翻译区没有突变位点；在HDAC1基因Intron10-Intron11区存在1个突变位点，该突变位点位于测序结果的110bp处，为A／G突变，其中AG杂合子频率（48．6％）与纯合子GG／AA频率（51．4％）大致相当，但G等位基因频率（62％）远大于A等位基因出现的频率（38％）。经在37头西门塔尔牛屠宰样品中的背膘厚屠宰性状比较，AA基因型个体的背膘厚显著低于GG和AG型个体，提示G等位基因对生长具有正效应。
Bibliography:44-1267/S
Simmental cattle; histone deacetylase 1 ; single nucleotide polymorphism ; slaughtering traits
YANG Ying, SHI Qiao-ting, LU Jiang, SHI De-shun, XU Zhao-xue, LI Xiang-ping （ 1. College of Animal Science and Techonlogy, Guangxi University, Nanning 530004, China; 2. Livestock Breeding Research Institute, Henan Academy of Agricultural Science, Zhengzhou 476800, China ; 3.Anesthesia Research Institute, Hubei University of Medicine / Taihe Hospital of Affiliated of Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China ）
In this study, we cloned, sequenced and analyzed the regions of Intron 4-Intron 5, Intron 10-Intron 11 and 3＇-non of gene Histone deaeetylase 1 （ HDAC1 ） on the second chromosomes in 37 Simmental cattles. By the methods of PCR-SSCP and sequencing analysis, we tried to judge and determine their SNP genotypes, and explore the relationship between SNP genotypes and slaughter traits in Simmental cattle. The results indicated that, there was no mutation on the regions of lntron 4-Intron 5 and 3＇-non-
ISSN:1004-874X