发酵床垫料中微生物16S rDNA PCR反应条件的建立与优化

为探讨发酵床垫料中微生物16S rDNA基因扩增实验中诸多因素对实验结果的影响,采用单因素法对16S rDNA基因扩增时PCR反应体系中的5个潜在因素（Mg^2＋、dNTP、引物、Taq酶、模板DNA）5水平上进行优化实验,并进一步优化了反应程序中的退火温度、循环次数。结果表明：25μL的最佳反应体系为：10×PCR buffer 2.5μL、MgCl22.0 mmol·L^-1、dNTP 0.2 mmol·L^-1、引物0.2μmol·L^-1、Taq DNA聚合酶0.5 U、模板DNA 50 ng;最佳反应程序为：在94℃下进行4 min预变性;随后循环扩增25个循环（包括94℃变性45...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in农业资源与环境学报 Vol. 31; no. 5; pp. 470 - 475
Main Author 杜东霞 尹红梅 张德元 刘标 许隽 王震 贺月林
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 农业农村部环境保护科研监测所 25.10.2014
中国农业生态环境保护协会
Subjects
16SrDNA
单因素法
发酵床垫料
退火温度
发酵床垫料
退火温度
16SrDNA
单因素法
Online AccessGet full text
ISSN2095-6819
2095-6819

Cover

More Information
Summary:为探讨发酵床垫料中微生物16S rDNA基因扩增实验中诸多因素对实验结果的影响,采用单因素法对16S rDNA基因扩增时PCR反应体系中的5个潜在因素（Mg^2＋、dNTP、引物、Taq酶、模板DNA）5水平上进行优化实验,并进一步优化了反应程序中的退火温度、循环次数。结果表明：25μL的最佳反应体系为：10×PCR buffer 2.5μL、MgCl22.0 mmol·L^-1、dNTP 0.2 mmol·L^-1、引物0.2μmol·L^-1、Taq DNA聚合酶0.5 U、模板DNA 50 ng;最佳反应程序为：在94℃下进行4 min预变性;随后循环扩增25个循环（包括94℃变性45 s,53.7℃退火30 s,72℃延伸90 s）;最后在72℃下延伸10 min。
Bibliography:fermentation bed padding material; 16S rDNA; single factor experiment; annealing temperature
12-1437/S
DU Dong-xia, YIN Hong-mei, ZHANG De-yuan, LIU Biao, XU Jun, WANG Zhen, HE Yue-lin （ Hunan Academy of Microbiology, Changsha 410009, China）
In order to study the influence of several potential factors on 16 S rDNA PCR reaction conditions in fermentation bed padding material, five factors（Mg^2＋, dNTP, primer, Taq DNA polymerase and DNA template）were optimized by single factor experiment at 5 concentration levels. Annealing temperatures and amplification cycle numbers were also optimized. The results showed that the optimum 25 μL reaction system comprised 10×PCR buffer 25 μL, MgCl22.0 mmol·L^-1, dNTP 0.2 mmol·L^-1, primer 0.2 μmol·L^-1, Taq DNA polymerase 0.5 U and DNA template 50 ng; and the optimum PCR procedure was as an initial pre-denaturing at 94 ℃ for 4 min, which preceded 25 cycles of denaturing at 94 ℃ for 45 s, annealing at 53.7 ℃ for 30 s, and extension at 72 ℃ for 90 s, with a final extension at 72 ℃ f
ISSN:2095-6819
2095-6819