胶质瘤恶性进展相关基因的生物信息学分析

• Published in: 癌症 Vol. 22; no. 3; pp. 225 - 229
• Main Authors: 孙继勇, 黄强, 王爱东, 董军, 邵耐远, 兰青
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 苏州大学附属第二医院神经外科暨脑肿瘤研究室,江苏,苏州,215004 2003
• Subjects: 生物信息学; 基因表达谱; 聚类分析; 胶质瘤
• ISSN: 1000-467X
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-467X.2003.03.001

R739.41; 背景与目的: 利用基因芯片技术和生物信息学分析基因在系统水平的调控机制,是当前功能基因组学的重要研究手段,它明显优于过去的单一基因研究模式,可以在整体的、基因组的水平对基因的表达调控网络机制,进行系统、全面地分析.本研究利用生物信息学技术对我们建立的胶质瘤恶性进展相关基因表达谱作系统的聚类分析,并对候选基因作初步的数据库检索,目的在于筛选与肿瘤恶性进展相关的基因,为进一步克隆其全长及研究其功能提供依据.方法:首先对基因表达谱做聚类分析,在数据分析时我们取双点之间的变异系数 < 0.33的数据进行分析,以便尽量减少实验误差.又取至少 3组比值差异均在 2倍以上、双点之间变异系数 < 0.33的基因,据此从 16363个基因数据中筛选出 368个做聚类分析.进而选取在 3份肿瘤样品中基因表达呈现逐步升高的 11条基因和逐步降低的 6条基因,进一步做生物信息学数据库的检索,去分析它们对应的结构和功能.结果:得到了两大类基因.第一类都是从 WHOⅡ级、 WHO Ⅲ级、 WHO IV级胶质瘤中表达逐步升高,有 11条;另一大类则相反,是表达逐步递减的,有 6条.生物信息学分析从中找到 3条基因 X55987( EDN,嗜酸细胞来源的神经毒素)、 AB011097( ARTS 1,肿瘤坏死因 子受体调节因子 1)和 M85085( CStF,剪切刺激因子)可能是胶质瘤恶性进展的关键基因.结论: 通过对胶质瘤基因表达谱的生物信息学分析,找出了 3条可能是胶质瘤恶性进展相关的关键基因,可作为治疗靶点作进一步的功能研究.