肝细胞癌患者外周血单个核细胞诊断候选基因的筛选及其调控网络分析

R735.7; 目的:通过筛选肝细胞癌(HCC)患者外周血单个核细胞(PBMC)诊断候选基因并分析其上游互作微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状(circRNA)和参与的通路,探讨HCC发生、发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点.方法:利用GEO数据库筛选HCC患者PBMC中的差异表达基因集,分别进行功能富集及互作分析,继而利用网络模块划分方法寻找差异表达基因中的诊断候选基因,再利用mirDIP、starBase在线工具对诊断候选基因的上游miRNA、lncRNA、circRNA进行预测.结果:获得高可信度的差异表达基因265个,差异表达基因主要富集于...

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Published in浙江大学学报（医学版） Vol. 48; no. 2; pp. 148 - 157
Main Authors 伦永志, 孙杰
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 莆田学院药学与医学技术学院医学检验系,福建 莆田,351100 2019
Subjects
白细胞,单核/代谢
寡核苷酸序列分析
基因表达调控,肿瘤
自动数据处理
基因表达谱
基因
计算机通信网络
癌,肝细胞/病理学
微RNAs
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ISSN1008-9292
DOI10.3785/j.issn.1008-9292.2019.04.05

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Summary:R735.7; 目的:通过筛选肝细胞癌(HCC)患者外周血单个核细胞(PBMC)诊断候选基因并分析其上游互作微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状(circRNA)和参与的通路,探讨HCC发生、发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点.方法:利用GEO数据库筛选HCC患者PBMC中的差异表达基因集,分别进行功能富集及互作分析,继而利用网络模块划分方法寻找差异表达基因中的诊断候选基因,再利用mirDIP、starBase在线工具对诊断候选基因的上游miRNA、lncRNA、circRNA进行预测.结果:获得高可信度的差异表达基因265个,差异表达基因主要富集于增殖调控、代谢调节、细胞通信、炎症疾病等功能,基因本体及KEGG通路富集结果相互关联.筛选获得4个诊断候选基因,包括RNA结合蛋白FUS、C-X-C基序趋化因子配体8、卡林蛋白和RNA聚合酶Ⅱ亚单位H.预测到10个miRNA、1个lncRNA和38个circRNA符合筛选标准,最后构建出一个lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-通路调控网络.结论:本研究基于数据挖掘方法筛选获得HCC患者PBMC中的诊断候选基因及其调控网络,为HCC的早期诊断和合理治疗提供了理论依据,有助于寻找新的肿瘤标志物.
ISSN:1008-9292
DOI:10.3785/j.issn.1008-9292.2019.04.05