第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述

TP391%TP301.6; DNA测序是生物信息学研究的重要内容之一,对测序序列的从头拼接是其中非常基础而重要的步骤.随着测序技术的不断更新,新的第三代测序数据拥有更长的序列长度、高错误率等性质,针对这些性质,同时使用二代、三代测序数据进行混合拼接是获得更好的拼接结果一种重要方式.本文介绍了现有的混合拼接软件的基本原理,并比较了不同软件拼接结果.最后,本文对选择拼接软件以及提出新的混合拼接方法的研究方向给出了建议....

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Published in生物信息学 Vol. 19; no. 1; pp. 26 - 34
Main Authors 王昊, 陈挺
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 清华大学 计算机科学与技术系,北京100084%清华大学 计算机科学与技术系,北京100084 2021
清华大学 人工智能研究院,北京100084
Subjects
生物信息学
第三代测序技术
全基因组序列拼接
混合拼接
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ISSN1672-5565
DOI10.12113/202003006

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Summary:TP391%TP301.6; DNA测序是生物信息学研究的重要内容之一,对测序序列的从头拼接是其中非常基础而重要的步骤.随着测序技术的不断更新,新的第三代测序数据拥有更长的序列长度、高错误率等性质,针对这些性质,同时使用二代、三代测序数据进行混合拼接是获得更好的拼接结果一种重要方式.本文介绍了现有的混合拼接软件的基本原理,并比较了不同软件拼接结果.最后,本文对选择拼接软件以及提出新的混合拼接方法的研究方向给出了建议.
ISSN:1672-5565
DOI:10.12113/202003006