卵形鲳鲹生长抑素家族基因的全基因组鉴定及组织表达特征分析

S965.331; [目的]明确卵形鲳鲹生长抑素(SST)家族基因的种类及其组织表达特征,为进一步揭示SST家族基因在其生长发育过程中的作用机制打下基础.[方法]采用HMMER 3.1对卵形鲳鲹全基因组数据进行搜索,然后通过Pfam、SMART及NCBI CDD等数据库确认搜索获得的基因是否属于SST家族基因;采用ProtParam和PSORT等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测SST家族基因在卵形鲳鲹不同组织中的表达情况.[结果]从卵形鲳鲹全基因组中共鉴定出4个SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),分别编码122、127、106和110个氨基酸残基,对...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in南方农业学报 Vol. 52; no. 12; pp. 3212 - 3220
Main Authors 余艳玲, 冯鹏霏, 潘传燕, 林勇, 宋漫玲, 张永德, 罗洪林
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,南宁 530021 2021
Subjects
卵形鲳鲹;生长抑素(SST)家族基因;基因结构;基元(Motif);组织表达
Online AccessGet full text
ISSN2095-1191
DOI10.3969/j.issn.2095-1191.2021.12.003

Cover

Abstract S965.331; [目的]明确卵形鲳鲹生长抑素(SST)家族基因的种类及其组织表达特征,为进一步揭示SST家族基因在其生长发育过程中的作用机制打下基础.[方法]采用HMMER 3.1对卵形鲳鲹全基因组数据进行搜索,然后通过Pfam、SMART及NCBI CDD等数据库确认搜索获得的基因是否属于SST家族基因;采用ProtParam和PSORT等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测SST家族基因在卵形鲳鲹不同组织中的表达情况.[结果]从卵形鲳鲹全基因组中共鉴定出4个SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),分别编码122、127、106和110个氨基酸残基,对应的编码蛋白分子量介于12249.3～14316.1 Da,理论等电点(pI)介于6.51～7.43,均定位于细胞外.4个卵形鲳鲹SST基因结构较简单且相似,均包含2个外显子和1个内含子;SST1和SST3基因位于7号染色体上,SST6和SST5基因则分别位于8号和23号染色体上;4个卵形鲳鲹SST氨基酸序列相似性的平均值为33.42％,以SST5氨基酸序列与SST6氨基酸序列的相似性最高(39.78％),SST3氨基酸序列与SST5氨基酸序列的相似性最低(28.16％).SST家族基因在卵形鲳鲹脑、胃、性腺和肌肉等组织中均有不同程度的表达,SST1、SST3和SST6基因在脑组织中显著高表达(P<0.05,下同),而SST5基因在性腺和肌肉组织中显著高表达;此外,SST3、SST5和SST6基因在卵形鲳鲹卵巢中的相对表达量均显著高于在精巢中的相对表达量.[结论]从卵形鲳鲹基因组中鉴定出4个SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),其表达分布存在组织特异性和种属特异性,可能介导卵形鲳鲹的神经调节、性腺发育及性二型性等多种生理功能,且不同物种的SST基因功能可能存在差异.
AbstractList S965.331; [目的]明确卵形鲳鲹生长抑素(SST)家族基因的种类及其组织表达特征,为进一步揭示SST家族基因在其生长发育过程中的作用机制打下基础.[方法]采用HMMER 3.1对卵形鲳鲹全基因组数据进行搜索,然后通过Pfam、SMART及NCBI CDD等数据库确认搜索获得的基因是否属于SST家族基因;采用ProtParam和PSORT等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测SST家族基因在卵形鲳鲹不同组织中的表达情况.[结果]从卵形鲳鲹全基因组中共鉴定出4个SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),分别编码122、127、106和110个氨基酸残基,对应的编码蛋白分子量介于12249.3～14316.1 Da,理论等电点(pI)介于6.51～7.43,均定位于细胞外.4个卵形鲳鲹SST基因结构较简单且相似,均包含2个外显子和1个内含子;SST1和SST3基因位于7号染色体上,SST6和SST5基因则分别位于8号和23号染色体上;4个卵形鲳鲹SST氨基酸序列相似性的平均值为33.42％,以SST5氨基酸序列与SST6氨基酸序列的相似性最高(39.78％),SST3氨基酸序列与SST5氨基酸序列的相似性最低(28.16％).SST家族基因在卵形鲳鲹脑、胃、性腺和肌肉等组织中均有不同程度的表达,SST1、SST3和SST6基因在脑组织中显著高表达(P<0.05,下同),而SST5基因在性腺和肌肉组织中显著高表达;此外,SST3、SST5和SST6基因在卵形鲳鲹卵巢中的相对表达量均显著高于在精巢中的相对表达量.[结论]从卵形鲳鲹基因组中鉴定出4个SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),其表达分布存在组织特异性和种属特异性,可能介导卵形鲳鲹的神经调节、性腺发育及性二型性等多种生理功能,且不同物种的SST基因功能可能存在差异.
Author 潘传燕
余艳玲
宋漫玲
冯鹏霏
林勇
张永德
罗洪林
AuthorAffiliation 广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,南宁 530021
AuthorAffiliation_xml – name: 广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,南宁 530021
Author_FL ZHANG Yong-de
PAN Chuan-yan
SONG Man-ling
YU Yan-ling
FENG Peng-fei
LIN Yong
LUO Hong-lin
Author_FL_xml – sequence: 1
  fullname: YU Yan-ling
– sequence: 2
  fullname: FENG Peng-fei
– sequence: 3
  fullname: PAN Chuan-yan
– sequence: 4
  fullname: LIN Yong
– sequence: 5
  fullname: SONG Man-ling
– sequence: 6
  fullname: ZHANG Yong-de
– sequence: 7
  fullname: LUO Hong-lin
Author_xml – sequence: 1
  fullname: 余艳玲
– sequence: 2
  fullname: 冯鹏霏
– sequence: 3
  fullname: 潘传燕
– sequence: 4
  fullname: 林勇
– sequence: 5
  fullname: 宋漫玲
– sequence: 6
  fullname: 张永德
– sequence: 7
  fullname: 罗洪林
BookMark eNrjYmDJy89LZWBQMTTQM7Y0s9TP0sssLs7TMzKwNNU1NLQ0BLKMDPUMjfQMDIxZGDjh4hwMvMXFWQYGBkamBuZmxkacDCFPe7c-3bvo5abNLzftfD5l_sup-591TXy-ZcHTddueTe9_On_X09kLns9qedq6Asre3fKyc8vTdbOe9ncB2c93t79YuOLFvn3PO3c-3df4tKPt2bwJPAysaYk5xam8UJqbQd3NNcTZQ7c8MS8tMS89Piu_tCgPKBOfXpFXmV0Bcq2hEdCtxsSrBABvD2sq
ClassificationCodes S965.331
ContentType Journal Article
Copyright Copyright © Wanfang Data Co. Ltd. All Rights Reserved.
Copyright_xml – notice: Copyright © Wanfang Data Co. Ltd. All Rights Reserved.
DBID 2B.
4A8
92I
93N
PSX
TCJ
DOI 10.3969/j.issn.2095-1191.2021.12.003
DatabaseName Wanfang Data Journals - Hong Kong
WANFANG Data Centre
Wanfang Data Journals
万方数据期刊 - 香港版
China Online Journals (COJ)
China Online Journals (COJ)
DatabaseTitleList
DeliveryMethod fulltext_linktorsrc
DocumentTitle_FL Genome-wide identification and tissue expression analysis of the somatostatin family genes in Trachinotus ovatus
EndPage 3220
ExternalDocumentID gxnykx202112003
GrantInformation_xml – fundername: (广西创新驱动发展专项); (广西水产遗传育种与康养殖重点实验室自主研发项目); (广西水产遗传育种与康养殖重点实验室自主研发项目)
  funderid: (广西创新驱动发展专项); (广西水产遗传育种与康养殖重点实验室自主研发项目); (广西水产遗传育种与康养殖重点实验室自主研发项目)
GroupedDBID -04
2B.
4A8
92I
93N
ALMA_UNASSIGNED_HOLDINGS
CCEZO
CHDYS
PSX
TCJ
ID FETCH-wanfang_journals_gxnykx2021120033
ISSN 2095-1191
IngestDate Thu May 29 04:06:50 EDT 2025
IsPeerReviewed true
IsScholarly true
Issue 12
Keywords 卵形鲳鲹;生长抑素(SST)家族基因;基因结构;基元(Motif);组织表达
Language Chinese
LinkModel OpenURL
MergedId FETCHMERGED-wanfang_journals_gxnykx2021120033
ParticipantIDs wanfang_journals_gxnykx202112003
PublicationCentury 2000
PublicationDate 2021
PublicationDateYYYYMMDD 2021-01-01
PublicationDate_xml – year: 2021
  text: 2021
PublicationDecade 2020
PublicationTitle 南方农业学报
PublicationTitle_FL Journal of Southern Agriculture
PublicationYear 2021
Publisher 广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,南宁 530021
Publisher_xml – name: 广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,南宁 530021
SSID ssj0002507632
ssib051370557
ssib018830053
ssib010683288
ssib007891390
ssib011608256
Score 4.5075626
Snippet S965.331; [目的]明确卵形鲳鲹生长抑素(SST)家族基因的种类及其组织表达特征,为进一步揭示SST家族基因在其生长发育过程中的作用机制打下基础.[方法]采用HMMER 3.1对卵形鲳...
SourceID wanfang
SourceType Aggregation Database
StartPage 3212
Title 卵形鲳鲹生长抑素家族基因的全基因组鉴定及组织表达特征分析
URI https://d.wanfangdata.com.cn/periodical/gxnykx202112003
Volume 52
hasFullText 1
inHoldings 1
isFullTextHit
isPrint
journalDatabaseRights – providerCode: PRVCAB
  databaseName: Nutrition and Food Sciences Database
  issn: 2095-1191
  databaseCode: DYU
  dateStart: 20110101
  customDbUrl:
  isFulltext: true
  dateEnd: 99991231
  titleUrlDefault: https://www.cabidigitallibrary.org/product/zd
  omitProxy: true
  ssIdentifier: ssib010683288
  providerName: CAB International
link http://utb.summon.serialssolutions.com/2.0.0/link/0/eLvHCXMwnV3NaxNBFF9KBfEiiorf5NDBg6Tu5-zMcSbdUAQ9tVAvls0mrSCkoCnU3oT60YJUQREq2Oqppx5qFWox_jXbNP-F772d7C5abBXC8nbmze99TfbNzGYmljUS283EFk1e9RPXq_p-klRFPCOqjdCPueAiSJq4DnnnLh-f9G9PBVNDw_dLv1qa7zRGk8VD95X8T1ShDOKKu2T_IbI5KBQADfGFK0QYrseKMYsCJsaYDpDQY0y5LJJMu0x7A0KyKGTSZ7KOJRLYgOBMKCYdrNI-UzY2VxHTHKtkyEQdS6CJVkRo4gEcxYRPQoFfHM6jNfFIJiSCZ8iSeAAW5BY8GRGySDDlEKBgOsIPVGFzSXZFMNql5oKJTEMAtMujauMH0BxruWkIzLLGIp9pYRRQ4CJuzFfBoK8RC7SWKB_FeiQfFHELFoJT5ERAF5k3a0AULJxQBMHVjDfAOhmUWVD3kODQ9PKai1ustpDZkkIFrhnETNvkUB89rkJEh6t0SoaFKFWSZ5WkcEo0S-Hpt8fDlOhrVDC3AVziYk_KxIGXM4eCe9AIB6EQWTEdmp4BQQVkjDopILJWIeHIQYeIsEpBf6qZEuXDt70USCoUzs3AsweuoXzlwmi9iucFlpNr4JYfIm4pVXquuW2ZW9oU-UdK9ySXlNJRxmguYxTDQgv5tlcMZfIfmM4utJ88XEAeJzsM-IQbwkgUJ033JvN8E-I7-uItsWNzyG_F8X2Ow3EBJR-uO0Lgnzvk-SxwPDyLKszXdGE6AekaX1zmep60RowRt_5mAm0ZbM_E7dnS6HbijHXaTEsrKnvGnLWGFh-csybSV1_TH5_721_627u9t-v9dz_3V970djbSrW_771fT9e_ph43e2lL6bNPQe0v95Z10ay1dXQG6t_fi4NPmQbfbW95Nu0_Tl8_3P74-b92oRxO18arRZNo86R5P_-ZN74I13J5rty5alRaH6VgjcQUeM5U0ZuKY42Z4_D88cFyzecmqHIV2-WiWK9YppLOVz6vWcOfRfOsazAU6jesU0F_Nhsi2
linkProvider CAB International
openUrl ctx_ver=Z39.88-2004&ctx_enc=info%3Aofi%2Fenc%3AUTF-8&rfr_id=info%3Asid%2Fsummon.serialssolutions.com&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=%E5%8D%B5%E5%BD%A2%E9%B2%B3%E9%B2%B9%E7%94%9F%E9%95%BF%E6%8A%91%E7%B4%A0%E5%AE%B6%E6%97%8F%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%9A%84%E5%85%A8%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E9%89%B4%E5%AE%9A%E5%8F%8A%E7%BB%84%E7%BB%87%E8%A1%A8%E8%BE%BE%E7%89%B9%E5%BE%81%E5%88%86%E6%9E%90&rft.jtitle=%E5%8D%97%E6%96%B9%E5%86%9C%E4%B8%9A%E5%AD%A6%E6%8A%A5&rft.au=%E4%BD%99%E8%89%B3%E7%8E%B2&rft.au=%E5%86%AF%E9%B9%8F%E9%9C%8F&rft.au=%E6%BD%98%E4%BC%A0%E7%87%95&rft.au=%E6%9E%97%E5%8B%87&rft.date=2021&rft.pub=%E5%B9%BF%E8%A5%BF%E6%B0%B4%E4%BA%A7%E7%A7%91%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E9%99%A2%2F%E5%B9%BF%E8%A5%BF%E6%B0%B4%E4%BA%A7%E9%81%97%E4%BC%A0%E8%82%B2%E7%A7%8D%E4%B8%8E%E5%81%A5%E5%BA%B7%E5%85%BB%E6%AE%96%E9%87%8D%E7%82%B9%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E5%AE%A4%2C%E5%8D%97%E5%AE%81+530021&rft.issn=2095-1191&rft.volume=52&rft.issue=12&rft.spage=3212&rft.epage=3220&rft_id=info:doi/10.3969%2Fj.issn.2095-1191.2021.12.003&rft.externalDocID=gxnykx202112003
thumbnail_s http://utb.summon.serialssolutions.com/2.0.0/image/custom?url=http%3A%2F%2Fwww.wanfangdata.com.cn%2Fimages%2FPeriodicalImages%2Fgxnykx%2Fgxnykx.jpg