卵形鲳鲹生长抑素家族基因的全基因组鉴定及组织表达特征分析

• Published in: 南方农业学报 Vol. 52; no. 12; pp. 3212 - 3220
• Main Authors: 余艳玲, 冯鹏霏, 潘传燕, 林勇, 宋漫玲, 张永德, 罗洪林
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,南宁 530021 2021
• Subjects: 卵形鲳鲹;生长抑素(SST)家族基因;基因结构;基元(Motif);组织表达
• ISSN: 2095-1191
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2021.12.003

S965.331; [目的]明确卵形鲳鲹生长抑素(SST)家族基因的种类及其组织表达特征,为进一步揭示SST家族基因在其生长发育过程中的作用机制打下基础.[方法]采用HMMER 3.1对卵形鲳鲹全基因组数据进行搜索,然后通过Pfam、SMART及NCBI CDD等数据库确认搜索获得的基因是否属于SST家族基因;采用ProtParam和PSORT等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测SST家族基因在卵形鲳鲹不同组织中的表达情况.[结果]从卵形鲳鲹全基因组中共鉴定出4个SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),分别编码122、127、106和110个氨基酸残基,对应的编码蛋白分子量介于12249.3～14316.1 Da,理论等电点(pI)介于6.51～7.43,均定位于细胞外.4个卵形鲳鲹SST基因结构较简单且相似,均包含2个外显子和1个内含子;SST1和SST3基因位于7号染色体上,SST6和SST5基因则分别位于8号和23号染色体上;4个卵形鲳鲹SST氨基酸序列相似性的平均值为33.42％,以SST5氨基酸序列与SST6氨基酸序列的相似性最高(39.78％),SST3氨基酸序列与SST5氨基酸序列的相似性最低(28.16％).SST家族基因在卵形鲳鲹脑、胃、性腺和肌肉等组织中均有不同程度的表达,SST1、SST3和SST6基因在脑组织中显著高表达(P<0.05,下同),而SST5基因在性腺和肌肉组织中显著高表达;此外,SST3、SST5和SST6基因在卵形鲳鲹卵巢中的相对表达量均显著高于在精巢中的相对表达量.[结论]从卵形鲳鲹基因组中鉴定出4个SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),其表达分布存在组织特异性和种属特异性,可能介导卵形鲳鲹的神经调节、性腺发育及性二型性等多种生理功能,且不同物种的SST基因功能可能存在差异.