IN SITU EPITRANSCRIPTOMIC PROFILING - GUO, JIANTING; TIAN, JIAKUN; WANG, XIAO; ZENG, HU; REN, JINGYI (2023)
The present disclosure provides methods, compositions, and systems for profiling epitranscriptomic RNA modifications in a cell. The present disclosure also provides methods for profiling interactions between one or more RNAs of interest in a cell and an RNA-binding protein (e.g., a protein that introduces an epitranscriptomic modification on an RNA of interest). Also provided by the present disclosure are methods for diagnosing a disease or disorder in a subject based on a profile of epitranscriptomic RNA modifications or a profile of interactions between an RNA binding protein and RNAs in a cell, including cells within an intact tissue. Methods of screening for or testing a candidate agent capable of modulating epitranscriptomic modification of one or more RNAs or interactions between one or more RNAs and an RNA-binding protein are also provided by the present disclosure. The present disclosure also provides methods for treating a disease or disorder in a subject in need thereof. Pairs of probes and sets of probes comprising oligonucleotide portions, which may be useful for performing the methods described herein, are also described by the present disclosure. Additionally, the present disclosure provides kits comprising any of the probes described herein. La présente invention concerne des procédés, des compositions et des systèmes permettant de profiler les modifications épitranscriptomiques de l'ARN dans une cellule. La présente invention concerne également des procédés permettant de profiler les interactions entre un ou plusieurs ARN d'intérêt dans une cellule et une protéine de liaison à l'ARN (par exemple, une protéine introduisant une modification épitranscriptomique sur un ARN d'intérêt). La présente invention concerne également des procédés pour diagnostiquer une maladie ou un trouble chez un sujet sur la base d'un profil de modifications épitranscriptomiques de l'ARN ou d'un profil d'interactions entre une protéine de liaison à l'ARN et des ARN dans une cellule, y compris des cellules dans un tissu intact. La présente invention concerne également des procédés de criblage ou de test d'un agent candidat capable de moduler la modification épitranscriptomique d'un ou plusieurs ARN ou les interactions entre un ou plusieurs ARN et une protéine de liaison à l'ARN. La présente invention concerne également des procédés permettant de traiter une maladie ou un trouble chez un sujet en ayant besoin. La présente invention porte également sur des paires de sondes et des ensembles de sondes comprenant des portions d'oligonucléotides, pouvant être utiles pour réaliser les procédés de la présente invention. En outre, la présente invention concerne des kits comprenant l'une quelconque des sondes décrites dans la présente invention.