少量细胞输入的自制转录组测序文库构建试剂评测

R392.33; 目的·验证基于SMART(switching mechanism at 5'end of RNA template)技术自制的转录组测序文库构建试剂(DIY试剂)替代昂贵的商业化试剂TaKaRa SMART-Seq v4试剂盒(TaKaRa试剂)的可行性.方法·选取4只8周龄雌性C57BL/6小鼠,随机分为2组:一组作为对照组,不进行处理;另一组向小鼠腹腔内注射1 mL浓度为4％ 的巯基乙酸盐肉汤,诱导巨噬细胞.经过72 h后,分离腹腔巨噬细胞并提取RNA,用DIY试剂和TaKaRa试剂分别进行cDNA文库的构建.经二代测序后,利用生物信息学分析方法从数据质量、基因...

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Published in上海交通大学学报（医学版） Vol. 40; no. 4; pp. 472 - 477
Main Authors 丁蕾, 高彩霞, 刘兆远, 陈磊
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 上海交通大学基础医学院免疫学与微生物学系,上海 200025 28.04.2020
上海交通大学医学院,上海市免疫学研究所,上海 200025
Subjects
二代测序
生物信息学
转录组测序
少量细胞输入
试剂比较
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ISSN1674-8115
DOI10.3969/j.issn.1674-8115.2020.04.009

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Summary:R392.33; 目的·验证基于SMART(switching mechanism at 5'end of RNA template)技术自制的转录组测序文库构建试剂(DIY试剂)替代昂贵的商业化试剂TaKaRa SMART-Seq v4试剂盒(TaKaRa试剂)的可行性.方法·选取4只8周龄雌性C57BL/6小鼠,随机分为2组:一组作为对照组,不进行处理;另一组向小鼠腹腔内注射1 mL浓度为4％ 的巯基乙酸盐肉汤,诱导巨噬细胞.经过72 h后,分离腹腔巨噬细胞并提取RNA,用DIY试剂和TaKaRa试剂分别进行cDNA文库的构建.经二代测序后,利用生物信息学分析方法从数据质量、基因差异表达分析、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析3个方面探究不同建库试剂对转录组测序结果的影响.结果·DIY试剂和TaKaRa试剂处理的样品数据质量良好;2种试剂捕获转录本的能力相近;样品所测序列在基因上的覆盖度均匀且一致性较高;差异表达基因以及通路富集的分析结果基本一致.结论·DIY试剂可替代TaKaRa试剂进行少量细胞的转录组测序文库构建,并降低建库成本.
ISSN:1674-8115
DOI:10.3969/j.issn.1674-8115.2020.04.009