基于生物信息学方法的儿童急性不明确谱系白血病的潜在治疗靶基因筛选

R733.73; 目的·利用生物信息学分析方法探索儿童急性不明确谱系白血病(acute leukemia of ambiguous lineage,ALAL)致病通路、生存相关的独特基因表达谱及枢纽基因.方法·从 TARGET(Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatment)和GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载患者和健康人的表达数据,利用limma、clusterProfiler、survival等生信工具对基因表达量进行差异分析、功能分析及生存分析,最后通过构建蛋白-蛋白相...

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Published in上海交通大学学报（医学版） Vol. 41; no. 3; pp. 320 - 327
Main Authors 吴任燕, 郭晓琳, 洪登礼, 陈磊
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 上海交通大学基础医学院病理生理学系,细胞分化与凋亡教育部重点实验室,上海200025%上海交通大学医学院上海市免疫学研究所,上海200025 28.03.2021
Subjects
生物信息学
生存分析
数据挖掘
白血病
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ISSN1674-8115
DOI10.3969/j.issn.1674-8115.2021.03.006

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Summary:R733.73; 目的·利用生物信息学分析方法探索儿童急性不明确谱系白血病(acute leukemia of ambiguous lineage,ALAL)致病通路、生存相关的独特基因表达谱及枢纽基因.方法·从 TARGET(Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatment)和GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载患者和健康人的表达数据,利用limma、clusterProfiler、survival等生信工具对基因表达量进行差异分析、功能分析及生存分析,最后通过构建蛋白-蛋白相互作用网络筛选得到与ALAL发病及生存相关的枢纽基因.结果·将ALAL组和健康对照组进行比较,共筛选得到4 053个显著差异基因(均P＜0.05),其中表达上调基因 1844个,表达下调基因2209个.利用GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析发现,上调基因参与细胞周期及剪接,下调基因参与免疫调节.通过与其他类型白血病的表达谱进行比较,发现ALAL中生存相关基因呈现独特的表达模式.蛋白质-蛋白质相互作网络显示生存基因网络的核心基因为CXCL8(C-X-C motif chemokine ligand 8)和LMNA(lamin A/C).结论·ALAL的发病机制与细胞周期以及免疫相关,ALAL预后不良可能与其生存基因的独特表达谱有关;CXCL8和LMNA在ALAL中发挥重要作用,可能作为潜在的治疗靶点;这些结果对ALAL的机制研究和临床治疗具有提示作用.
ISSN:1674-8115
DOI:10.3969/j.issn.1674-8115.2021.03.006