基于重症支气管哮喘差异表达基因及其治疗中药筛选的生物信息学分析

R256.12; 目的:通过生物信息学方法探讨重症支气管哮喘[简称重症哮喘(SA)]的差异表达基因,分析其作用机制,并筛选潜在具有治疗作用的中药及活性成分.方法:在高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE136587和GSE158752数据集,利用R软件对数据集进行差异分析获得差异表达基因,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选核心基因,寻找关键通路和枢纽基因.最后将核心基因提交至Coremine数据库筛选具有潜在治疗作用的中药,并通过《中华医典》检索相关中药方剂.结果:共筛选出466个差异表达基因.通过STRING平台构建PPI网络共筛选包括25 kDa突触关联蛋白(SNAP25...

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Published in吉林大学学报（医学版） Vol. 50; no. 2; pp. 411 - 421
Main Authors 陈丽平, 韩立, 卞华, 庞立业
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 南阳理工学院 河南省张仲景方药与免疫调节重点实验室,河南 南阳 473004 28.03.2024
河南中医药大学呼吸疾病中医药防治省部共建协同创新中心,河南 郑州 450046%南阳理工学院 河南省张仲景方药与免疫调节重点实验室,河南 南阳 473004
Subjects
差异表达基因
Screening of Chinese medicine
生物信息学
Differentially expressed gene
中药筛选
Severe asthma
Bioinformatics
重症哮喘
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ISSN1671-587X
DOI10.13481/j.1671-587X.20240214

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Summary:R256.12; 目的:通过生物信息学方法探讨重症支气管哮喘[简称重症哮喘(SA)]的差异表达基因,分析其作用机制,并筛选潜在具有治疗作用的中药及活性成分.方法:在高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE136587和GSE158752数据集,利用R软件对数据集进行差异分析获得差异表达基因,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选核心基因,寻找关键通路和枢纽基因.最后将核心基因提交至Coremine数据库筛选具有潜在治疗作用的中药,并通过《中华医典》检索相关中药方剂.结果:共筛选出466个差异表达基因.通过STRING平台构建PPI网络共筛选包括25 kDa突触关联蛋白(SNAP25)、谷氨酸离子型受体2(GRIA2)、轴突蛋白1(NRXN1)、钾电压门控通道亚家族A成员1(KCNA1)、突触囊泡蛋白 1(SYT1)和嗜铬蛋白A(CHGA)等核心靶点25个.基因本体(GO)功能富集显示SA的生物学过程与细胞趋化性和白细胞迁移等有重要关系,京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集的通路主要涉及骨髓白细胞迁移、白细胞趋化性、细胞趋化性、白细胞迁移、对外部刺激反应的正向调节和骨髓白细胞活化等信号通路.采用网络药理学方法基于核心靶点筛选得到具有潜在治疗SA作用的中药367种,其中人参、水牛角、全蝎和黄芪等中药涉及多个核心靶点,与SA具有高度相关性,在《中华医典》中检索具有高度相关性的中药,共得到17个潜在具有治疗效果的中药方剂.结论:通过生物信息学筛选SA的潜在标志物和具有治疗作用的中药,为SA早期诊断和发病机制研究提供新的靶点,为其治疗的中药方剂研发提供思路.
ISSN:1671-587X
DOI:10.13481/j.1671-587X.20240214