肝细胞癌中UBE2S互作蛋白的筛选及预后模型构建

• Published in: 吉林大学学报（医学版） Vol. 50; no. 1; pp. 168 - 177
• Main Authors: 王小燕, 张豪, 郭泽皓, 曹骏, 莫之婧
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 桂林医学院 广西高校生物化学与分子生物学重点实验室,广西 桂林 541199%桂林医学院 广西高校生物化学与分子生物学重点实验室,广西 桂林 541199 28.01.2024; 桂林医学院智能医学与生物技术学院实验教学中心,广西 桂林 541199; 桂林医学院智能医学与生物技术学院生物化学教研室,广西 桂林 541199
• Subjects: 泛素结合酶E2S; 免疫共沉淀; Co-immunoprecipitation; 肝细胞癌; 液相色谱-质谱联用仪; Liquid chromatograph mass spectrometer; Ubiquitin-conjugating enzyme E2S; Hepatocellular carcinoma; Prognostic analysis; 预后分析
• ISSN: 1671-587X
• DOI: 10.13481/j.1671-587X.20240121

R735.7; 目的:筛选泛素结合酶E2S(UBE2S)互作蛋白并构建肝细胞癌(HCC)基于UBE2S互作蛋白的预后模型(UIPM),分析 UIPM 评估 HCC患者预后的价值.方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)技术筛选与Flag-UBE2S结合的蛋白复合体,经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和Western blotting法验证后,采用液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)分析鉴定UBE2S互作蛋白,并对互作蛋白进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.采用R软件survival包筛选癌症基因组图谱(TGGA)中HCC预后相关蛋白与UBE2S互作蛋白取交集,通过LASSO回归分析从交集蛋白中获取关键蛋白构建UIPM,并建立预后模型风险评分公式,按照风险评分的中位值将TGGA中HCC患者分为高风险组和低风险组,通过受试者工作特征曲线(ROC)评估UIPM的预测准确性,并采用国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库对UIPM预测准确性进行再次验证.采用单因素和多因素Cox回归分析评估UIPM风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并进一步构建列线图模型.结果:Co-IP联合LC-MS分析得到 97个UBE2S互作蛋白.GO功能和KEGG信号通路富集分析,互作蛋白主要与半胱氨酸型内肽酶活性、氧化应激和细胞死亡有密切关联.TCGA筛选出5 163个HCC预后相关蛋白,与UBE2S互作蛋白取交集,获得40个预后相关互作蛋白,LASSO回归分析得到 7个关键蛋白,包括UBE2S、热休克蛋白家族A成员 8(HSPA8)、异质性胞核核糖核蛋白H1(HNRNPH1)、含TCP1伴侣蛋白亚基3(CCT3)、真核翻译起始因子 2亚基 1(EIF2S1)、活化蛋白C激酶 1受体(RACK1)和肌动蛋白相关蛋白2/3复合体亚基 4(ARPC4),并构建了UIPM,高和低风险组HCC患者生存率存比较差异有统计学意义(P<0.05).ROC曲线,UIPM预测HCC患者 1、2和 3年UIPM风险评分的ROC曲线下面积(AUC)值均大于0.7,表明预测模型准确度较高.ICGC数据库数据也证实UIPM预测准确度较高.单因素和多因素Cox回归分析,UIPM风险评分是HCC患者的独立预后危险因素(P<0.05).列线图预测HCC患者生存率与实际生存率之间有较好的一致性.结论:97个互作蛋白与U