基于生物信息学分析抑制素在消化系统恶性肿瘤中的表达及预后价值 - 李晓凤; 刘禧禧; 宋子晴; 唐明政; 蔡辉; 张凌云 (陆军军医大学学报, 2024)
R341%R730.23%R735; 目的 探索肿瘤组织中抑制素(prohibitin,PHB)的表达情况,分析其对消化系统恶性肿瘤(digestive system malignant tumor,DT)患者预后的影响以及作用机制.方法 ①使用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression,GTEx)数据库比较肿瘤组织和正常组织中PHB的表达差异.②收集2023年10月甘肃省人民医院诊治的5对胃癌及癌旁组织和5对结肠癌及癌旁组织,RT-qPCR检测PHB mRNA表达水平.③采用RT-qPCR和Western blot检测正常胃黏膜细胞(GES-1)和胃癌细胞(AGS、MKN45和HGC27)、正常结肠细胞NCM-460和人结肠癌细胞株SW480中PHB的表达差异.④利用R语言分析PHB对DT患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响.⑤采用CIBERSORT算法分析肿瘤组织中PHB表达与肿瘤免疫细胞浸润之间的相关性.基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)探讨PHB的生物学功能.⑥利用R语言分析PHB与药物敏感性的关系.结果 ①PHB在结肠癌、胆管癌、食管癌、肝癌、直肠癌和胃癌组织中均显著高表达(P＜0.01).②RT-qPCR和Western blot检测结果显示PHB在胃癌和结肠癌组织和细胞中高表达(P＜0.01).③PHB的差异表达与肝癌(P=0.002)预后不良相关.在胆管癌、胃癌、胰腺癌、肝癌和食管癌中,PHB与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性呈正相关(P＜0.05).④PHB的表达在结肠癌中与M2型巨噬细胞呈正相关(P=0.03);在胆管癌中与活化CD4+记忆T细胞呈正相关(P＜0.05);在食管癌中与活化肥大细胞呈正相关(P=0.03);在肝癌中与M0、M2型巨噬细胞和单核细胞呈正相关(P＜0.05);在直肠癌中与静息树突状细胞、嗜酸性粒细胞和活化CD4+记忆T细胞呈正相关(P＜0.05);在胃癌中与M0型巨噬细胞、活化肥大细胞、中性粒细胞、静息自然杀伤细胞、活化CD4+记忆T细胞和滤泡辅助性T细胞呈正相关(P＜0.05).⑤PHB在I类受体、PPAR和钙离子信号通路中主要富集(P＜0.05).⑥PHB的表达与氨萘非特、普拉西诺特和阿比特龙等1