基于生物信息学筛选通过调控脂肪细胞功能改善肥胖的中药单体

R589.2; 目的 筛选通过调控脂肪细胞功能改善肥胖的中药单体并进行初步验证.方法 从GEO数据库中下载数据集GSE70353和GSE72158.数据集GSE70353含770名不同BMI男性(45～73岁)对应皮下白色脂肪组织(SAT)的基因表达数据,数据集GSE72158含42例女性减肥术前及术后1年SAT的基因表达数据.使用R语言对基因芯片数据集GSE70353和GSE72158分别进行差异分析,并筛选出两个数据集的共同差异表达基因(DEGs),对共同DEGs进行功能注释GO富集分析和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络(PPI),鉴定...

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Published in解放军医学杂志 Vol. 47; no. 8; pp. 771 - 780
Main Authors 李畅, 冷清阳, 冷华卿, 张宏利, 李晓华
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 上海中医药大学第七人民医院内分泌科,上海 200137%上海市黄浦区打浦桥街道社区卫生服务中心,上海 200032 28.08.2022
Subjects
肥胖
中药单体
白色脂肪细胞
生物信息学
基因表达综合数据库
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ISSN0577-7402
DOI10.11855/j.issn.0577-7402.2022.08.0771

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Abstract R589.2; 目的 筛选通过调控脂肪细胞功能改善肥胖的中药单体并进行初步验证.方法 从GEO数据库中下载数据集GSE70353和GSE72158.数据集GSE70353含770名不同BMI男性(45～73岁)对应皮下白色脂肪组织(SAT)的基因表达数据,数据集GSE72158含42例女性减肥术前及术后1年SAT的基因表达数据.使用R语言对基因芯片数据集GSE70353和GSE72158分别进行差异分析,并筛选出两个数据集的共同差异表达基因(DEGs),对共同DEGs进行功能注释GO富集分析和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络(PPI),鉴定出核心(hub)基因,利用药物基因组数据库(cMAP)筛选出可调控hub基因的中药单体.使用3T3-L1细胞诱导分化为成熟白色脂肪细胞(WAT),选取不同浓度岩白菜素(0、0.4、2、10μmol/L)和银杏内酯A(0、0.01、0.1、1μmol/L)处理WAT 24 h,并采用qRT-PCR检测白细胞介素-6(IL-6)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)mRNA的表达水平.结果 两个数据集中有64个共表达DEGs,GO和KEGG分析显示免疫细胞趋化富集,与补体相关级联激活、各种炎症、营养应激、脂质运输等通路有关.通过Cytoscape鉴定出18个hub基因[APOB(上调),ACP5、C1QB、C1QC、CCL2、CCND1、CD163、CD68、FCER1G、ITGB2、MMP9、MS4A6A、MS4A7、PLEK、SPP1、TNFRSF11B、TYROBP、VSIG4(下调)],利用cMAP筛选出28个可调控hub基因的中药单体,其中22个已被证实能够改善肥胖.与0μmol/L组相比,0.4μmol/L岩白菜素组及0.1μmol/L银杏内酯A组PPARγmRNA表达水平降低(P<0.05),0.4μmol/L、10μmol/L岩白菜素组及0.1μmol/L银杏内酯A组IL-6 mRNA表达水平降低.结论 共筛选出28个中药单体,其中22个已被证实能够改善肥胖,细胞实验初步证实岩白菜素和银杏内酯A可调节脂肪细胞功能.
AbstractList R589.2; 目的 筛选通过调控脂肪细胞功能改善肥胖的中药单体并进行初步验证.方法 从GEO数据库中下载数据集GSE70353和GSE72158.数据集GSE70353含770名不同BMI男性(45～73岁)对应皮下白色脂肪组织(SAT)的基因表达数据,数据集GSE72158含42例女性减肥术前及术后1年SAT的基因表达数据.使用R语言对基因芯片数据集GSE70353和GSE72158分别进行差异分析,并筛选出两个数据集的共同差异表达基因(DEGs),对共同DEGs进行功能注释GO富集分析和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络(PPI),鉴定出核心(hub)基因,利用药物基因组数据库(cMAP)筛选出可调控hub基因的中药单体.使用3T3-L1细胞诱导分化为成熟白色脂肪细胞(WAT),选取不同浓度岩白菜素(0、0.4、2、10μmol/L)和银杏内酯A(0、0.01、0.1、1μmol/L)处理WAT 24 h,并采用qRT-PCR检测白细胞介素-6(IL-6)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)mRNA的表达水平.结果 两个数据集中有64个共表达DEGs,GO和KEGG分析显示免疫细胞趋化富集,与补体相关级联激活、各种炎症、营养应激、脂质运输等通路有关.通过Cytoscape鉴定出18个hub基因[APOB(上调),ACP5、C1QB、C1QC、CCL2、CCND1、CD163、CD68、FCER1G、ITGB2、MMP9、MS4A6A、MS4A7、PLEK、SPP1、TNFRSF11B、TYROBP、VSIG4(下调)],利用cMAP筛选出28个可调控hub基因的中药单体,其中22个已被证实能够改善肥胖.与0μmol/L组相比,0.4μmol/L岩白菜素组及0.1μmol/L银杏内酯A组PPARγmRNA表达水平降低(P<0.05),0.4μmol/L、10μmol/L岩白菜素组及0.1μmol/L银杏内酯A组IL-6 mRNA表达水平降低.结论 共筛选出28个中药单体,其中22个已被证实能够改善肥胖,细胞实验初步证实岩白菜素和银杏内酯A可调节脂肪细胞功能.
Author 李晓华
张宏利
李畅
冷清阳
冷华卿
AuthorAffiliation 上海中医药大学第七人民医院内分泌科,上海 200137%上海市黄浦区打浦桥街道社区卫生服务中心,上海 200032
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Wanfang Data Journals
万方数据期刊 - 香港版
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Issue 8
Keywords 肥胖
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