汉滩病毒糖蛋白Gn的T细胞表位预测及其跨种属验证

R512.8%R373.3+; 目的 筛选、鉴定并验证汉滩病毒(HTNV)包膜糖蛋白-N末端(Gn)上的免疫反应性表位.方法 通过UniProt数据库获取HTNV 76-118株Gn蛋白序列.采用IEDB、SMMPMBEC、NetMHCpan 4.1、SYFPEITHI、Rankpep算法预测表位亲和力,VaxiJen v2.0分析免疫原性,Blastp工具计算保守性,HPEPDOCK和EpiDOCK模拟pMHC对接,TBtools进行双向聚类分析,酶联免疫斑点(ELISpot)实验评价表位细胞免疫反应性.结果 通过UniProt数据库获得了HTNV 76-118株Gn蛋白序列(PRO_000...

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Published in解放军医学杂志 Vol. 48; no. 9; pp. 1000 - 1010
Main Authors 孙报增, 秦聪聪, 张俊琦, 王永凯, 张文标, 刘瑞波, 白天原, 张志辉, 张宇丝, 杨琨, 姜东伯
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 空军军医大学基础医学院生物武器损伤防治药物重点实验室,陕西西安 710032 2023
空军军医大学基础医学院微生物学教研室,陕西西安 710032
空军军医大学基础医学院免疫学教研室,陕西西安 710032%空军军医大学基础医学院免疫学教研室,陕西西安 710032
空军医科大学唐都医院风湿科,陕西西安 710032%空军军医大学基础医学院免疫学教研室,陕西西安 710032
Subjects
immunoreactivity
免疫反应性
Hantaan virus
汉滩病毒
表位
glycoprotein
in silico prediction
epitope
糖蛋白
计算机预测
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ISSN0577-7402
DOI10.11855/j.issn.0577-7402.1489.2023.0419

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Abstract R512.8%R373.3+; 目的 筛选、鉴定并验证汉滩病毒(HTNV)包膜糖蛋白-N末端(Gn)上的免疫反应性表位.方法 通过UniProt数据库获取HTNV 76-118株Gn蛋白序列.采用IEDB、SMMPMBEC、NetMHCpan 4.1、SYFPEITHI、Rankpep算法预测表位亲和力,VaxiJen v2.0分析免疫原性,Blastp工具计算保守性,HPEPDOCK和EpiDOCK模拟pMHC对接,TBtools进行双向聚类分析,酶联免疫斑点(ELISpot)实验评价表位细胞免疫反应性.结果 通过UniProt数据库获得了HTNV 76-118株Gn蛋白序列(PRO_0000036816).整合5种亲和力算法,在小鼠H-2亚型中获得了61个优势表位,在人主要组织相容性复合物(MHC)-Ⅰ亚型中得到234个优势表位,MHC-Ⅱ亚型中得到212个优势表位;VaxiJen筛选分别获得H-2、MHC-Ⅰ、MHC-Ⅱ亚型强免疫原性优势表位23、110、42个;进一步采用Blastp筛选获得高亲和力、强免疫原性、种间种内保守的MHC-Ⅰ类限制性表位3个,MHC-Ⅱ类限制性表位81个.双向分层聚类分析揭示了小鼠H2-d、H2-b和部分人类白细胞分化抗原(HLA)在提呈HTNV Gn表位上的相似性.ELISpot验证了5个表位具有较强的诱导脾细胞分泌γ干扰素(IFN-γ)的能力.结论 预测并验证了HTNV Gn上的细胞免疫反应性表位,证实在MHC提呈中病毒抗原存在跨基因、种属、物种的交叉免疫反应性,为预防肾综合征出血热(HFRS)提供了新思路.
AbstractList R512.8%R373.3+; 目的 筛选、鉴定并验证汉滩病毒(HTNV)包膜糖蛋白-N末端(Gn)上的免疫反应性表位.方法 通过UniProt数据库获取HTNV 76-118株Gn蛋白序列.采用IEDB、SMMPMBEC、NetMHCpan 4.1、SYFPEITHI、Rankpep算法预测表位亲和力,VaxiJen v2.0分析免疫原性,Blastp工具计算保守性,HPEPDOCK和EpiDOCK模拟pMHC对接,TBtools进行双向聚类分析,酶联免疫斑点(ELISpot)实验评价表位细胞免疫反应性.结果 通过UniProt数据库获得了HTNV 76-118株Gn蛋白序列(PRO_0000036816).整合5种亲和力算法,在小鼠H-2亚型中获得了61个优势表位,在人主要组织相容性复合物(MHC)-Ⅰ亚型中得到234个优势表位,MHC-Ⅱ亚型中得到212个优势表位;VaxiJen筛选分别获得H-2、MHC-Ⅰ、MHC-Ⅱ亚型强免疫原性优势表位23、110、42个;进一步采用Blastp筛选获得高亲和力、强免疫原性、种间种内保守的MHC-Ⅰ类限制性表位3个,MHC-Ⅱ类限制性表位81个.双向分层聚类分析揭示了小鼠H2-d、H2-b和部分人类白细胞分化抗原(HLA)在提呈HTNV Gn表位上的相似性.ELISpot验证了5个表位具有较强的诱导脾细胞分泌γ干扰素(IFN-γ)的能力.结论 预测并验证了HTNV Gn上的细胞免疫反应性表位,证实在MHC提呈中病毒抗原存在跨基因、种属、物种的交叉免疫反应性,为预防肾综合征出血热(HFRS)提供了新思路.
Author 孙报增
张文标
张俊琦
张志辉
白天原
姜东伯
张宇丝
杨琨
王永凯
刘瑞波
秦聪聪
AuthorAffiliation 空军军医大学基础医学院免疫学教研室,陕西西安 710032%空军军医大学基础医学院免疫学教研室,陕西西安 710032;空军军医大学基础医学院生物武器损伤防治药物重点实验室,陕西西安 710032;空军医科大学唐都医院风湿科,陕西西安 710032%空军军医大学基础医学院免疫学教研室,陕西西安 710032;空军军医大学基础医学院生物武器损伤防治药物重点实验室,陕西西安 710032;空军军医大学基础医学院微生物学教研室,陕西西安 710032
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Yang Kun
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Issue 9
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PublicationDecade 2020
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