谷子穗发育期转录组与叶酸代谢谱联合分析

植物叶酸(Folate,FA)参与细胞内一碳单位转移反应,是能量代谢、氨基酸和核酸合成的重要供体.前期我们发现,谷子籽粒叶酸含量高于其他禾谷类作物,但叶酸代谢组分特征目前尚不清楚.本研究以'晋谷21'为试验材料,对3个穗发育期小穗进行叶酸代谢组分析;通过RNA-seq分析穗发育期差异表达基因及叶酸合成途径相关代谢通路,探究叶酸组分与叶酸代谢途径基因表达模式及其与可变剪切的相关性,同时预测分析叶酸合成途径基因的蛋白互作网络.结果表明,总叶酸含量随穗发育阶段呈下降趋势;5-甲基四氢叶酸(5-methyltetrahydrofolate,5-M-THF)和10-甲酰叶酸(10-f...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in作物学报 Vol. 47; no. 5; pp. 837 - 846
Main Authors 马贵芳, 满夏夏, 张益娟, 高豪, 孙朝霞, 李红英, 韩渊怀, 侯思宇
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801%山西农业大学生命科学学院,山西太谷 030801%山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801 12.05.2021
杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室,山西太原 030031
Subjects
谷子
叶酸
代谢组
转录组
Online AccessGet full text
ISSN0496-3490
DOI10.3724/SP.J.1006.2021.04173

Cover

Abstract 植物叶酸(Folate,FA)参与细胞内一碳单位转移反应,是能量代谢、氨基酸和核酸合成的重要供体.前期我们发现,谷子籽粒叶酸含量高于其他禾谷类作物,但叶酸代谢组分特征目前尚不清楚.本研究以'晋谷21'为试验材料,对3个穗发育期小穗进行叶酸代谢组分析;通过RNA-seq分析穗发育期差异表达基因及叶酸合成途径相关代谢通路,探究叶酸组分与叶酸代谢途径基因表达模式及其与可变剪切的相关性,同时预测分析叶酸合成途径基因的蛋白互作网络.结果表明,总叶酸含量随穗发育阶段呈下降趋势;5-甲基四氢叶酸(5-methyltetrahydrofolate,5-M-THF)和10-甲酰叶酸(10-formyl folic acid,10-F-FA)是穗发育期的主要组分.17个叶酸合成关键基因表达模式可划分为2个不同类群.转录起始区域(transcription start site,TSS)和转录终止区域(transcription terminal site,TTS)可变剪切是叶酸合成关键基因在穗发育3个时期均发生的可变剪切类型,外显子跳跃型(exon skipping,ES)、内含子滞留型(intron retention,IR)和可变5'或3'端剪切(alternative exon ends,AE)是特有类型.同时发现叶酸合成、一碳代谢和激素信号传导途径关键基因与叶酸组分差异具有相关性,初步推测谷子穗发育过程叶酸合成途径及偶联途径相关基因的表达一定程度影响叶酸含量变化,其中ADCS、DHFR2和GGH基因的差异表达可能为影响谷穗叶酸含量的主要原因,可作为利用遗传工程提高谷子叶酸含量及生物强化分子育种的关键靶基因.
AbstractList 植物叶酸(Folate,FA)参与细胞内一碳单位转移反应,是能量代谢、氨基酸和核酸合成的重要供体.前期我们发现,谷子籽粒叶酸含量高于其他禾谷类作物,但叶酸代谢组分特征目前尚不清楚.本研究以'晋谷21'为试验材料,对3个穗发育期小穗进行叶酸代谢组分析;通过RNA-seq分析穗发育期差异表达基因及叶酸合成途径相关代谢通路,探究叶酸组分与叶酸代谢途径基因表达模式及其与可变剪切的相关性,同时预测分析叶酸合成途径基因的蛋白互作网络.结果表明,总叶酸含量随穗发育阶段呈下降趋势;5-甲基四氢叶酸(5-methyltetrahydrofolate,5-M-THF)和10-甲酰叶酸(10-formyl folic acid,10-F-FA)是穗发育期的主要组分.17个叶酸合成关键基因表达模式可划分为2个不同类群.转录起始区域(transcription start site,TSS)和转录终止区域(transcription terminal site,TTS)可变剪切是叶酸合成关键基因在穗发育3个时期均发生的可变剪切类型,外显子跳跃型(exon skipping,ES)、内含子滞留型(intron retention,IR)和可变5'或3'端剪切(alternative exon ends,AE)是特有类型.同时发现叶酸合成、一碳代谢和激素信号传导途径关键基因与叶酸组分差异具有相关性,初步推测谷子穗发育过程叶酸合成途径及偶联途径相关基因的表达一定程度影响叶酸含量变化,其中ADCS、DHFR2和GGH基因的差异表达可能为影响谷穗叶酸含量的主要原因,可作为利用遗传工程提高谷子叶酸含量及生物强化分子育种的关键靶基因.
Author 高豪
张益娟
韩渊怀
孙朝霞
满夏夏
李红英
侯思宇
马贵芳
AuthorAffiliation 山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801%山西农业大学生命科学学院,山西太谷 030801%山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801;杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室,山西太原 030031
AuthorAffiliation_xml – name: 山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801%山西农业大学生命科学学院,山西太谷 030801%山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801;杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室,山西太原 030031
Author_FL MA Gui-Fang
MAN Xia-Xia
SUN Zhao-Xia
GAO Hao
LI Hong-Ying
HOU Si-Yu
HAN Yuan-Huai
ZHANG Yi-Juan
Author_FL_xml – sequence: 1
  fullname: MA Gui-Fang
– sequence: 2
  fullname: MAN Xia-Xia
– sequence: 3
  fullname: ZHANG Yi-Juan
– sequence: 4
  fullname: GAO Hao
– sequence: 5
  fullname: SUN Zhao-Xia
– sequence: 6
  fullname: LI Hong-Ying
– sequence: 7
  fullname: HAN Yuan-Huai
– sequence: 8
  fullname: HOU Si-Yu
Author_xml – sequence: 1
  fullname: 马贵芳
– sequence: 2
  fullname: 满夏夏
– sequence: 3
  fullname: 张益娟
– sequence: 4
  fullname: 高豪
– sequence: 5
  fullname: 孙朝霞
– sequence: 6
  fullname: 李红英
– sequence: 7
  fullname: 韩渊怀
– sequence: 8
  fullname: 侯思宇
BookMark eNotj7tKA0EUQKeIYIz5A3urXe-8dmZKCT4JKKh12NmHKDILLiFip6ikMisoNqKglaCwWmgg5G8yyfgXKlqd7hzODKqYzCQIzWHwqSBsYWvTX_cxQOATINgHhgWtoCowFXiUKZhG9Tzf00CxYCClqiLlyk_7Wkyeb23vyp2-j-8e3PDFDm8mg7NR_9L2Pr7O-6PBkysfXfnmTq5t0bXdi_F9MYum0vAgT-r_rKGd5aXtxqrX3FhZayw2vRwDEV7ACURY4piLgAsORCqNaUwY40xgSTWnQpIoiWNFdKxwGjAGiVApT5iKuKY1NP_n7YQmDc1uaz9rH5qfYuu4nXWO9O8pcABBvwENA13X
ContentType Journal Article
Copyright Copyright © Wanfang Data Co. Ltd. All Rights Reserved.
Copyright_xml – notice: Copyright © Wanfang Data Co. Ltd. All Rights Reserved.
DBID 2B.
4A8
92I
93N
PSX
TCJ
DOI 10.3724/SP.J.1006.2021.04173
DatabaseName Wanfang Data Journals - Hong Kong
WANFANG Data Centre
Wanfang Data Journals
万方数据期刊 - 香港版
China Online Journals (COJ)
China Online Journals (COJ)
DatabaseTitleList
DeliveryMethod fulltext_linktorsrc
DocumentTitle_FL Integrated analysis between folate metabolites profiles and transcriptome of panicle in foxtail millet
EndPage 846
ExternalDocumentID zuowxb202105007
GrantInformation_xml – fundername: (本研究由国家重点研发计划项目); (山西省高等学校科学研究优秀成果培育项目); (山西农谷建设科研专项); (山西农业大学青年科技创新基金项目)
  funderid: (本研究由国家重点研发计划项目); (山西省高等学校科学研究优秀成果培育项目); (山西农谷建设科研专项); (山西农业大学青年科技创新基金项目)
GroupedDBID -04
23M
2B.
4.4
4A8
5GY
5XA
5XE
92G
92I
93N
AAHBH
ABJNI
ACGFS
ALMA_UNASSIGNED_HOLDINGS
CCEZO
CHDYS
CS3
CW9
EBS
EJD
GROUPED_DOAJ
P2P
PSX
RIG
TCJ
TGD
U1G
U5N
ID FETCH-LOGICAL-s1027-6520c181d5765750289b13d244547183b53782cedd92bd91f6440e79f5e49c5b3
ISSN 0496-3490
IngestDate Thu May 29 04:05:30 EDT 2025
IsPeerReviewed true
IsScholarly true
Issue 5
Keywords 谷子
叶酸
代谢组
转录组
Language Chinese
LinkModel OpenURL
MergedId FETCHMERGED-LOGICAL-s1027-6520c181d5765750289b13d244547183b53782cedd92bd91f6440e79f5e49c5b3
PageCount 10
ParticipantIDs wanfang_journals_zuowxb202105007
PublicationCentury 2000
PublicationDate 2021-05-12
PublicationDateYYYYMMDD 2021-05-12
PublicationDate_xml – month: 05
  year: 2021
  text: 2021-05-12
  day: 12
PublicationDecade 2020
PublicationTitle 作物学报
PublicationTitle_FL Acta Agronomica Sinica
PublicationYear 2021
Publisher 山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801%山西农业大学生命科学学院,山西太谷 030801%山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801
杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室,山西太原 030031
Publisher_xml – name: 杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室,山西太原 030031
– name: 山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801%山西农业大学生命科学学院,山西太谷 030801%山西农业大学农学院/农业生物工程研究所,山西太谷 030801
SSID ssib031740889
ssib002263356
ssib051369771
ssj0037550
ssib001101042
Score 2.2677846
Snippet 植物叶酸(Folate,FA)参与细胞内一碳单位转移反应,是能量代谢、氨基酸和核酸合成的重要供体.前期我们发现,谷子籽粒叶酸含量高于其他禾谷类作物,但叶酸代谢组分特征目前尚不...
SourceID wanfang
SourceType Aggregation Database
StartPage 837
Title 谷子穗发育期转录组与叶酸代谢谱联合分析
URI https://d.wanfangdata.com.cn/periodical/zuowxb202105007
Volume 47
hasFullText 1
inHoldings 1
isFullTextHit
isPrint
journalDatabaseRights – providerCode: PRVAON
  databaseName: DOAJ Directory of Open Access Journals
  issn: 0496-3490
  databaseCode: DOA
  dateStart: 20210101
  customDbUrl:
  isFulltext: true
  dateEnd: 99991231
  titleUrlDefault: https://www.doaj.org/
  omitProxy: true
  ssIdentifier: ssj0037550
  providerName: Directory of Open Access Journals
link http://utb.summon.serialssolutions.com/2.0.0/link/0/eLvHCXMwzV1PaxQxFB9Ke_Eiior_6cF3UaZOMkkmOWa2U0pB8dBCb2VnZkdPW7BblN4UlZ5sBcWLKOhJUKgetFD6bbrt-i18LzO7Oy4Lag_iZclmXvJ-771s9r3MS-J510SRZkGQK79ZpIUv0qbyDW8KXxeFVqGQeZlVeeu2ml8SC8tyeWLqei1rab2TzmQbY_eVHMeqWId2pV2yf2HZQadYgWW0L36ihfHzj2wMiYY4gDiCRIKdBRNAEoE1YFyNngPDiEZziDkkCkwDzJxrNQu2QTRYMJJaxTFoAYmAGOmTqnmsIDGgJVXSoxhsWDG1vM-9ZMHACGqFGLR2zbFSOaYJlHd19p1g19UsgUG-2hDgEr919NqClf2BQPzxOYFFbthOOm4W4nBIohwy5noRhLtfGJKgCA2wTj8mpvZEolEbvzCKwWjHiIG19QURzuhdPhuGz65HVglvseyYaqfiUonGVjBsVBNvQDOoQWsZ0iYf20NEaiWb1TSF9rbOZiiAjl0hcNp3to9LJRrKYeGN8TgJlR2Mnht0mhBdpSCPK9UApaQRh7YlKJEbfTXJRwX-R-D-Y5XX_oaFUX4oqh9K5TOUp8RWc6OsOQC6PMKo70uWy-ujbkoYcUGJEndmFihLiTKlOJsJBCtv9Rk5AH5jffXBw5RIAukOzpjikVK8tnzkQh9GKyu1DAmuwtrRkxgmCMpo7H-XLFQY-g3S4cJIutusB9KW24wJ6c1xON0ex3bRbN-tueOLp7yTVRw9bctJ8bQ3sXHvjGd6O9-7n7ePPr7ubr3oPf56-OZdb_9Td__V0d6Tg93n3a1vP57uHux96O287-186T162d3e7G4-O3y7fdZbmksWG_N-dTeMv4YhUeQryYMMo5NcRvTqmPIlUhbmGKxIcrfDVIYY-2StPDc8zQ0rMO4LWpEpZEuYTKbhOW-yvdpunfemo5AHTcHwcY7hVMabskgpPSXPWBSZrLjgTVeirlRz_9rKiE0u_p7kkndiOFld9iY799dbVzCe6aRXnSF_Auya31c
linkProvider Directory of Open Access Journals
openUrl ctx_ver=Z39.88-2004&ctx_enc=info%3Aofi%2Fenc%3AUTF-8&rfr_id=info%3Asid%2Fsummon.serialssolutions.com&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=%E8%B0%B7%E5%AD%90%E7%A9%97%E5%8F%91%E8%82%B2%E6%9C%9F%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E4%B8%8E%E5%8F%B6%E9%85%B8%E4%BB%A3%E8%B0%A2%E8%B0%B1%E8%81%94%E5%90%88%E5%88%86%E6%9E%90&rft.jtitle=%E4%BD%9C%E7%89%A9%E5%AD%A6%E6%8A%A5&rft.au=%E9%A9%AC%E8%B4%B5%E8%8A%B3&rft.au=%E6%BB%A1%E5%A4%8F%E5%A4%8F&rft.au=%E5%BC%A0%E7%9B%8A%E5%A8%9F&rft.au=%E9%AB%98%E8%B1%AA&rft.date=2021-05-12&rft.pub=%E5%B1%B1%E8%A5%BF%E5%86%9C%E4%B8%9A%E5%A4%A7%E5%AD%A6%E5%86%9C%E5%AD%A6%E9%99%A2%2F%E5%86%9C%E4%B8%9A%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%B7%A5%E7%A8%8B%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80%2C%E5%B1%B1%E8%A5%BF%E5%A4%AA%E8%B0%B7+030801%25%E5%B1%B1%E8%A5%BF%E5%86%9C%E4%B8%9A%E5%A4%A7%E5%AD%A6%E7%94%9F%E5%91%BD%E7%A7%91%E5%AD%A6%E5%AD%A6%E9%99%A2%2C%E5%B1%B1%E8%A5%BF%E5%A4%AA%E8%B0%B7+030801%25%E5%B1%B1%E8%A5%BF%E5%86%9C%E4%B8%9A%E5%A4%A7%E5%AD%A6%E5%86%9C%E5%AD%A6%E9%99%A2%2F%E5%86%9C%E4%B8%9A%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%B7%A5%E7%A8%8B%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80%2C%E5%B1%B1%E8%A5%BF%E5%A4%AA%E8%B0%B7+030801&rft.issn=0496-3490&rft.volume=47&rft.issue=5&rft.spage=837&rft.epage=846&rft_id=info:doi/10.3724%2FSP.J.1006.2021.04173&rft.externalDocID=zuowxb202105007
thumbnail_s http://utb.summon.serialssolutions.com/2.0.0/image/custom?url=http%3A%2F%2Fwww.wanfangdata.com.cn%2Fimages%2FPeriodicalImages%2Fzuowxb%2Fzuowxb.jpg