大麦籽粒β-葡聚糖含量的全基因组关联分析及候选基因预测 - 鲁宗辉; 司二静; 叶霈颖; 汪军成; 姚立蓉; 马小乐; 李葆春; 王化俊; 尚勋武; 孟亚雄 (作物学报, 2024)
利用高通量SNP芯片对 238份不同来源的大麦种质资源进行基因型分析,并测定 2年的籽粒β-葡聚糖含量,通过基于PCA模型的一般线性模型(general linear model,GLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS).结果表明,238 份大麦材料的β-葡聚糖含量分布在 1.23%～6.55%和 1.79%～6.64%之间且均呈正态分布.GWAS分析共检测到 19 个显著的SNP标记,分布在 1H、2H、3H、4H和 5H染色体上,可解释表型变异的 7.39%～10.29%.在显著关联的SNP位点上下游各 300 kb范围内进行候选基因挖掘,共寻找到 37 个基因,基于前人研究和BLAST基因注释共筛选到 4 个最有可能与β-葡聚糖合成相关的候选基因,在最显著SNP位点B1_1033963 上游 89 kb处找到候选基因HORVU.MOREX.r3.1HG0000140,该基因可能是与β-葡聚糖合成过程紧密相关的基因.本研究可为大麦β-葡聚糖含量遗传改良提供理论指导与优异基因资源.