杜鹃红山茶实时定量PCR内参基因筛选及验证

S602.4%Q349+.5; [目的]实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)以高灵敏度和特异性等优点,成为基因表达分析的主要工具,而选择适合不同条件下工作的内参是qRT-PCR分析的前提.筛选得到适用于杜鹃红山茶不同器官、不同时期花瓣的qRT-PCR分析的内参基因,为后续相关基因功能研究提供可用的内参基因.[方法]选择转录延伸因子编码基因(EF1α)、α-tubulin(TUA)、β-tubulin(TUB)、Ubiquitin(UBQ)、肌动蛋白(Actin)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(Glyceraldehyde-3-phosphate...

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Published in广东农业科学 Vol. 47; no. 12; pp. 203 - 211
Main Authors 刘小飞, 于波, 黄丽丽, 孙映波
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 广东省农业科学院环境园艺研究所 / 广东省园林花卉种质创新综合利用重点实验室 /农业农村部华南都市农业重点实验室,广东 广州 510640 2020
Subjects
内参基因
NormFinder
实时荧光定量PCR
杜鹃红山茶
GeNorm
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ISSN1004-874X
DOI10.16768/j.issn.1004-874X.2020.12.021

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Summary:S602.4%Q349+.5; [目的]实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)以高灵敏度和特异性等优点,成为基因表达分析的主要工具,而选择适合不同条件下工作的内参是qRT-PCR分析的前提.筛选得到适用于杜鹃红山茶不同器官、不同时期花瓣的qRT-PCR分析的内参基因,为后续相关基因功能研究提供可用的内参基因.[方法]选择转录延伸因子编码基因(EF1α)、α-tubulin(TUA)、β-tubulin(TUB)、Ubiquitin(UBQ)、肌动蛋白(Actin)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)6个看家基因,使用2种不同的计算程序GeNorm和NormFinder评估了6个基因表达的稳定性.进一步通过CaGASA3基因的表达模式验证了所选内参基因的适用性.[结果]在不同器官中通过GeNorm和NormFinder筛选出稳定性最好的基因,排名前2位的均为TUA和GAPDH,GAPDH基因在两种计算程序评估中稳定性均最佳.而在不同时期花瓣中,通过2种程序得出排名前2位的内参基因均为TUB和UBQ;UBQ基因在GeNorm程序评估中稳定性最好,TUB基因在NormFinder程序的评估中稳定性最佳.[结论]杜鹃红山茶不同器官中最佳内参基因为TUA和GAPDH,不同时期花瓣中最适内参基因为TUB和UBQ.
ISSN:1004-874X
DOI:10.16768/j.issn.1004-874X.2020.12.021