马氏珍珠贝来源DPP-Ⅳ抑制活性肽的虚拟筛选及其作用机制

TS201.4; 为了快速发现马氏珍珠贝来源二肽基肽酶Ⅳ(dipeptidyl peptidase Ⅳ,DPP-Ⅳ)抑制活性肽,本研究利用数据库中20个已报道的DPP-Ⅳ抑制肽组成训练集,构建了药效团模型并通过测试集分子和Fisher随机验证法对模型进行了评估.利用在线网站PeptideCutter,以珍珠贝肉蛋白为原料,进行虚拟酶解.使用最优药效团模型(Hypo1)对虚拟酶解获得的192个低分子肽(氨基酸数小于或等于5)进行初步筛选,接着以分子对接的方法进一步筛选,并且对潜在的DPP-Ⅳ抑制活性肽进行固相合成,体外验证其活性并分析其作用机制.结果表明,药效团结合分子对接技术筛选了 4个理论上...

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Published in食品工业科技 Vol. 42; no. 16; pp. 1 - 7
Main Authors 李姣, 苏继磊, 陈敏, 戴世鲲, 高永利, 尹浩
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国科学院南海海洋研究所,中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室,仪器设备公共服务中心,广东广州510301 01.08.2021
南方海洋科学与工程广东省实验室(广州),广东广州511458
南方海洋科学与工程广东省实验室(广州),广东广州511458%中国科学院南海海洋研究所,中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室,仪器设备公共服务中心,广东广州510301
中国科学院大学,北京100049
Subjects
马氏珍珠贝
药效团模型
肽
分子对接
二肽基肽酶
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ISSN1002-0306
DOI10.13386/j.issn1002-0306.2020120273

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Abstract TS201.4; 为了快速发现马氏珍珠贝来源二肽基肽酶Ⅳ(dipeptidyl peptidase Ⅳ,DPP-Ⅳ)抑制活性肽,本研究利用数据库中20个已报道的DPP-Ⅳ抑制肽组成训练集,构建了药效团模型并通过测试集分子和Fisher随机验证法对模型进行了评估.利用在线网站PeptideCutter,以珍珠贝肉蛋白为原料,进行虚拟酶解.使用最优药效团模型(Hypo1)对虚拟酶解获得的192个低分子肽(氨基酸数小于或等于5)进行初步筛选,接着以分子对接的方法进一步筛选,并且对潜在的DPP-Ⅳ抑制活性肽进行固相合成,体外验证其活性并分析其作用机制.结果表明,药效团结合分子对接技术筛选了 4个理论上可能具有高活性的DPP-Ⅳ抑制肽,即LPIY、VQDR、PIY和APSL.其中,VQDR、PIY没有表现出抑制活性,而LPIY和APSL具有较高的DPP-Ⅳ抑制活性,其IC50值分别为521.19和258.67 μmol/L.与DPP-Ⅳ相互作用的机理表明,肽LPIY和APSL与DPP-Ⅳ活性口袋中的氨基酸残基形成了多个氢键,且N-端第二个位置的脯氨酸(P)也均与活性口袋中的残基形成了 Pi-Alkyl作用,因此促进了 LPIY和APSL的DPP-Ⅳ抑制作用.本研究为高效筛选珍珠贝来源的DPP-Ⅳ抑制肽提供了理论方法.
AbstractList TS201.4; 为了快速发现马氏珍珠贝来源二肽基肽酶Ⅳ(dipeptidyl peptidase Ⅳ,DPP-Ⅳ)抑制活性肽,本研究利用数据库中20个已报道的DPP-Ⅳ抑制肽组成训练集,构建了药效团模型并通过测试集分子和Fisher随机验证法对模型进行了评估.利用在线网站PeptideCutter,以珍珠贝肉蛋白为原料,进行虚拟酶解.使用最优药效团模型(Hypo1)对虚拟酶解获得的192个低分子肽(氨基酸数小于或等于5)进行初步筛选,接着以分子对接的方法进一步筛选,并且对潜在的DPP-Ⅳ抑制活性肽进行固相合成,体外验证其活性并分析其作用机制.结果表明,药效团结合分子对接技术筛选了 4个理论上可能具有高活性的DPP-Ⅳ抑制肽,即LPIY、VQDR、PIY和APSL.其中,VQDR、PIY没有表现出抑制活性,而LPIY和APSL具有较高的DPP-Ⅳ抑制活性,其IC50值分别为521.19和258.67 μmol/L.与DPP-Ⅳ相互作用的机理表明,肽LPIY和APSL与DPP-Ⅳ活性口袋中的氨基酸残基形成了多个氢键,且N-端第二个位置的脯氨酸(P)也均与活性口袋中的残基形成了 Pi-Alkyl作用,因此促进了 LPIY和APSL的DPP-Ⅳ抑制作用.本研究为高效筛选珍珠贝来源的DPP-Ⅳ抑制肽提供了理论方法.
Author 苏继磊
李姣
戴世鲲
高永利
尹浩
陈敏
AuthorAffiliation 中国科学院南海海洋研究所,中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室,仪器设备公共服务中心,广东广州510301;中国科学院大学,北京100049;南方海洋科学与工程广东省实验室(广州),广东广州511458%中国科学院南海海洋研究所,中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室,仪器设备公共服务中心,广东广州510301;南方海洋科学与工程广东省实验室(广州),广东广州511458
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DAI Shikun
LI Jiao
SU Jilei
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Issue 16
Keywords 马氏珍珠贝
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Publisher 中国科学院南海海洋研究所,中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室,仪器设备公共服务中心,广东广州510301
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Title 马氏珍珠贝来源DPP-Ⅳ抑制活性肽的虚拟筛选及其作用机制
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