玉米穗长一般配合力多位点全基因组关联分析和预测 - 马娟; 朱卫红; 刘京宝; 宇婷; 黄璐; 郭国俊 (作物学报, 2023)
穗长是一个重要的农艺性状,与产量密切相关.一般配合力(general combining ability,GCA)是评价优异自交系的重要指标.因此,解析穗长GCA的遗传基础,制定相应的育种策略对玉米杂交种产量的提高具有重要意义.本研究以123个玉米自交系和8个测验种按照North CarolinaⅡ遗传交配设计组配的537个F1杂交种为试验材料,在2个环境下进行表型鉴定,利用玉米5.5 K液相育种芯片鉴定的11,734个SNP(single nucleotide polymorphisms)对2个环境以及综合环境穗长GCA进行多位点全基因组关联分析(multi-locus genome-wide association study,MGWAS)和基因组预测.利用7种MGWAS共检测到11个穗长GCA显著关联SNP标记(P<8.52E-07),单个位点解释GCA变异介于8.06％～28.23％之间.不同MGWAS共定位的SNP位点有5个.位点7_178103602在周口和综合环境利用mrMLM(multi-locus random-SNP-effect mixed linear model)方法重复检测到,可解释穗长GCA变异的26.02％～28.23％,为环境稳定的主效SNP.共挖掘10个候选基因,其中auxin amido synthetase 9和EID1-like F-box protein 2可能是控制穗长GCA的关键基因.5种随机效应模型对3个环境穗长GCA的预测准确性介于0.53～0.69之间,且模型间差异较小.在新乡和周口环境,GBLUP(genomic best linear unbiased prediction)和RKHS(reproducing kernel Hilbert space)整合不同显著位点作为固定效应均可提高穗长GCA基因组估计育种值的准确性,提高率为2.34％～14.98％,而在综合环境中除了利用FarmCPU(fixed and random model circulating probability unification)或BLINK(Bayesian-information and linkage-disequilibrium iteratively nested keyway)鉴定的1个显著位点作为固定效应会略降低预测精度外,其他2种MGWAS方法显著位点的加入均能